| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 2,743,094 | G→T | 18.6% | G161* (GGA→TGA) | PP_2395 → | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 2,743,094 | 0 | G | T | 18.6% | 68.2 / 4.9 | 26 | G161* (GGA→TGA) | PP_2395 | leucine‑rich repeat‑containing protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/13); new base T (2/3); total (10/16) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
GCCGCTGCTCGAAGTGGCATTGCGCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGGCGCTACACCATGCTTGTG > NC_002947/2742964‑2743222 | gCCGCTGCTCGAAGTGGCATTGCGCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACtg > 1:383624/1‑136 (MQ=255)gCCGCTGCTCGAAGTGGCATTGCGCAACTTCACGGCCGCCAAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACTGCACGGTCAAACCACCTACAAGCATCGAGTTTGACGGACtg > 1:245383/1‑136 (MQ=255) cGCTGCTCGAAGTGGCATTGCGCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACtgtg < 1:338434/136‑1 (MQ=255) tCGAAGTGGCATTGCTCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGa < 1:256351/136‑1 (MQ=255) tGCGCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTggg > 1:65944/1‑136 (MQ=255) gcgcAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTTCAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGt < 2:196262/136‑1 (MQ=255) aaCTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAgc > 2:312657/1‑136 (MQ=255) aaCTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAgc < 2:265743/136‑1 (MQ=255) aCGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCTCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATc < 2:147407/136‑1 (MQ=255) ggTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 2:84755/136‑1 (MQ=255) ggTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 2:351813/136‑1 (MQ=255) ggTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 2:159164/136‑1 (MQ=255) ggTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 1:136174/136‑1 (MQ=255) aaCCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGTGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt > 1:300793/1‑131 (MQ=255) aaCCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGTGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 2:300793/131‑1 (MQ=255) aaCCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAg < 1:12205/136‑1 (MQ=255) cccTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGgcgc > 2:83673/1‑136 (MQ=255) cGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTAGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGGCGCTACACCATGCtt > 1:197930/1‑136 (MQ=255) aGTTTGCCTGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt > 2:190682/1‑113 (MQ=255) aGTTTGCCTGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt > 2:192404/1‑113 (MQ=255) aGTTTGCCTGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 1:192404/113‑1 (MQ=255) aGTTTGCCTGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 1:190682/113‑1 (MQ=255) aGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt > 2:160822/1‑113 (MQ=255) aGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGAt < 1:160822/113‑1 (MQ=255) aGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGGCGCTACACCATGCTtgt < 1:339152/136‑1 (MQ=255) gTTTGCCTGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTGACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGGCGCTACACCATGCTtgtg < 2:233920/136‑1 (MQ=255) | GCCGCTGCTCGAAGTGGCATTGCGCAACTTCACGGCCGCCCAGGCGCAGGAAGGTGGCCAGCCGCGCGGTAACCGCCTGCTGCTTCCCCGCCACGGCACGGTCAAACCCCCTACAAGCATCGAGTTTGCCGGACTGTGTCGTGAGCTGGACCTGGGTGAGCGCTATCAACGTCATCTGGATGCCATCCTCACGCCCGCTGGCAATGCCGAGCGCCTGGTGTCTCAGCTTGTAGATGCCAGGCGCTACACCATGCTTGTG > NC_002947/2742964‑2743222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |