| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,644,469 | G→T | 21.0% | E164* (GAG→TAG) | PP_3206 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,644,469 | 0 | G | T | 21.0% | 47.8 / 4.6 | 19 | E164* (GAG→TAG) | PP_3206 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/7); new base T (2/2); total (10/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.72e-01 | |||||||||||
CAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGCCGGGGAGGCCTACACCTGCCCGG > NC_002947/3644336‑3644598 | cagcagCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTAGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAg > 2:385119/1‑136 (MQ=255) gcGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGa > 1:151267/1‑136 (MQ=255) gcGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGa > 1:360416/1‑136 (MQ=255) cGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGAc > 1:249275/1‑136 (MQ=255) cggcggCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTg < 1:420689/136‑1 (MQ=255) ggcggcAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTgg > 1:337404/1‑135 (MQ=255) gTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCTAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGccc > 1:263721/1‑136 (MQ=255) gTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCTAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGccc > 1:412336/1‑136 (MQ=255) gTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGccc > 1:318470/1‑136 (MQ=255) aCGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCg > 2:234907/1‑136 (MQ=255) ccgcAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTgc < 1:184807/136‑1 (MQ=255) aaCGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGtt < 2:392823/136‑1 (MQ=255) aTGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACg < 2:249275/136‑1 (MQ=255) cgcgTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGcc < 2:151267/136‑1 (MQ=255) cgcgTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTGTGCCAGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGcc < 2:360416/136‑1 (MQ=255) ttCTTGCCCGCCGTGGCGTGGTTGACGGCCGCGCGTTGCGTTTGCCGGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTTTGTGGCCGGGGAGGCCTa < 1:385119/135‑1 (MQ=255) ccgccgTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGCCGGGGAGGCCTACACCTGc > 2:7645/1‑136 (MQ=255) cgTGGCTAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGCCGGGGAGGCCTACACCTGCCCgg < 2:263721/136‑1 (MQ=255) cgTGGCTAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGCCGGGGAGGCCTACACCTGCCCgg < 2:412336/136‑1 (MQ=255) | CAGCAGCGTCGCGGTGTACGGCGGCAAGTTGCCGACGCGCATGGACGAAGGCCAGCCAGCGTCGCCGCAGCTGTCCTATGCGGCGCACAAACGCATGGTGGAGATCGCGTTGCAGGATCTTGCCCGCCGTGGCGAGGTTGACGGCCGCGCCTTGCGTTTGCCCGGTATCGTTGCTCGCCCGCGCGAGCCGAATGGTCTGCGCTCGGCGTTCATGAGCGACCTGTTGCACGCCTATGTGGCCGGGGAGGCCTACACCTGCCCGG > NC_002947/3644336‑3644598 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |