| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 4,977,662 | C→T | 30.8% | G294S (GGC→AGC) | flgL ← | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,977,662 | 0 | C | T | 30.8% | 12.3 / 5.9 | 13 | G294S (GGC→AGC) | flgL | flagellar hook‑associated protein FlgL |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (4/5); new base T (2/2); total (6/7) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.34e-01 | |||||||||||
CTTGGGAAGGTGCTACGGTAAGCTTCCGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTG > NC_002947/4977532‑4977792 | cTTGGGAAGGTGCTACGGTAAGCTTCCGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCaa > 2:147594/1‑136 (MQ=255) aaGCTTCCGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTc < 1:423004/136‑1 (MQ=255) ccGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTc < 1:134509/136‑1 (MQ=255) ccGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTc < 1:147594/136‑1 (MQ=255) ggTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCTGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGc > 1:398599/1‑136 (MQ=255) ggTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCTGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGc > 1:398601/1‑136 (MQ=255) ggTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGc > 1:235303/1‑136 (MQ=255) ggTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCg > 1:102166/1‑136 (MQ=255) tCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACcgcg > 1:377790/1‑136 (MQ=255) cGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCTGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCg < 2:398599/136‑1 (MQ=255) cGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCTGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCg < 2:398601/136‑1 (MQ=255) cGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCg < 2:235303/136‑1 (MQ=255) aTGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTg < 1:232980/136‑1 (MQ=255) | CTTGGGAAGGTGCTACGGTAAGCTTCCGGGTCGGTAACGCTGGTGCCGGTCACCTGCGCCGTCGACGGGTTGCCCGCGCTACGCGTCGCAGTGAGGGTATCGGGCTTGGCTTCGAGGGTGAACACATGGCCGGCAACGACGGCGTCAGCATCGTCACCTTCCGCCAGGTTCAGGTTGATCTCGAAGTCGACACCGCGCAGCGAGATCATCTTGCCGCCTTCGGTATTGACGTCGAACTTGCCCTTGCCGGCGGTTTCATTG > NC_002947/4977532‑4977792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |