| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,552,249 | C→T | 29.4% | R601H (CGC→CAC) | rnr ← | exoribonuclease R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,552,249 | 0 | C | T | 29.4% | 21.4 / 8.7 | 17 | R601H (CGC→CAC) | rnr | exoribonuclease R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (5/7); new base T (2/3); total (7/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.18e-01 | |||||||||||
ACTGCTCGCCGAGTTGCTCCAGGGTGTTCTCGTCGTACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTTCTCGGTGCTGTACACGGCCTGGCTCAGC > NC_002947/5552142‑5552383 | aCTGCTCGCCGAGTTGCTCCAGGGTGTTCTCGTCGTACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGTGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCAc < 1:75498/136‑1 (MQ=255) tGCTCGCCGAGTTGCTCCAGGGTGTTCTCGTCGTACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACca > 2:36021/1‑136 (MQ=255) tcgtcgTACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCg > 1:191522/1‑136 (MQ=255) cgtcgtACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGa > 1:356861/1‑136 (MQ=255) ggTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTg < 1:26265/136‑1 (MQ=255) cgcCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGcc < 1:252487/136‑1 (MQ=255) cgcCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGcc < 2:356861/136‑1 (MQ=255) cgcCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGTGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTg > 1:143813/1‑101 (MQ=255) cgcCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGTGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTg < 2:143813/101‑1 (MQ=255) cgcCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGTGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTg < 2:145746/101‑1 (MQ=255) cgcCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGTGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTg > 1:145746/1‑101 (MQ=255) gttGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTtc < 2:21733/135‑1 (MQ=255) cTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTtc < 1:153927/136‑1 (MQ=255) gACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTTCTCg < 2:292123/136‑1 (MQ=255) ggggTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTTCTCGGTGCTGt < 1:36021/136‑1 (MQ=255) ggTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTTCTCGGTGCTGTac > 1:326272/1‑136 (MQ=255) gCGGATGATGCTGTGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGTCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGTACGAAGTGGCCGTTGTTCTCGGTGCTGTACACGGCCTGGCTCagc > 1:187284/1‑136 (MQ=255) | ACTGCTCGCCGAGTTGCTCCAGGGTGTTCTCGTCGTACGGGTAGATACGCGCCTTGGGAATGCTCATGGCGCCGGCACGCTTGACGTGCGGGGTATCGACCTTGGAGCGGATGATGCTGCGGATGGCGCGATGCACCAGCAGGTCCGGGTAACGACGGATCGGCGAGGTGAAGTGGGTGTACGCCTCGTAGTTCAGGCCGAAGTGGCCGTTGTTCTCGGTGCTGTACACGGCCTGGCTCAGC > NC_002947/5552142‑5552383 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |