| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,801,147 | G→T | 21.0% | V586V (GTC→GTA) | gltB ← | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,801,147 | 0 | G | T | 21.0% | 48.7 / 4.7 | 19 | V586V (GTC→GTA) | gltB | L‑glutamate synthase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/8); new base T (2/2); total (9/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 | |||||||||||
CAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGC > NC_002947/5801014‑5801261 | cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCTAc > 2:274052/1‑136 (MQ=255)cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCTAc > 2:38552/1‑136 (MQ=255)cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc < 1:180435/136‑1 (MQ=255)cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc < 1:407334/136‑1 (MQ=255)cAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGAc < 2:67961/136‑1 (MQ=255) ccAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTg > 1:181425/1‑136 (MQ=255) gAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCTACGCTCTGCTCAt < 1:274052/136‑1 (MQ=255) gAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCTACGCTCTGCTCAt < 1:38552/136‑1 (MQ=255) cTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGc < 2:358829/136‑1 (MQ=255) ataACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCt < 2:5945/136‑1 (MQ=255) cGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTcgc < 1:93161/136‑1 (MQ=255) cTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCa > 1:87554/1‑136 (MQ=255) cacaGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTggcgggc > 1:111848/1‑136 (MQ=255) cacaGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTggcgggc > 2:299556/1‑136 (MQ=255) cttcGGCCTGGTCGGCAATGTGGCGGCGGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGAc < 1:52614/136‑1 (MQ=255) gCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCg > 2:8575/1‑136 (MQ=255) ccTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGa > 2:335338/1‑136 (MQ=255) ggaaaTGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCTGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTCGCGCGCGAGATGACCGGCGAGCTGAgg > 2:209123/4‑136 (MQ=255) gCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCcgc < 2:414513/136‑1 (MQ=255) | CAACGGCCAGCGAAGCGTGCACCGGCAGCTTGCCCGGGGCGATATAACGGTCGCTCAGCACCAGCTGGGTCTTGCCCCCACGCACAGCTTCTTCGGCCTGGTCGGCAATGTTGCGGATGGCCGCTTCCAGGCCGACGCTCTGCTCATAGTTGAGGTCGATCAGCTGGCGGTCGAAGCCTTCGCGCTCCAGGTTCATCAGCGAACGCCACTTGGCGGGCGAGATGACCGGCGAGCTGAGGATGACCCGC > NC_002947/5801014‑5801261 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |