| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | = 1849128 | 0 (0.000) | 5 (0.550) | 3/256 | 0.6 | 58.8% | coding (657/2754 nt) | gacS | sensor protein GacS |
| ? | NC_002947 | 2182694 = | 7 (0.770) | intergenic (+103/‑63) | PP_5485/PP_1931 | GNAT family acetyltransferase/hypothetical protein | |||||
TTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAG > NC_002947/1848996‑1849220 | ttCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcag < 1:204850‑M1/136‑4 (MQ=255)ttCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcag < 1:199538‑M1/136‑4 (MQ=255) cacatcgccacatgcgccccagcacggcgattagagctaaaccacgcaaaatcttgccagttaggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgaaattcgcgtgatttcacacagcctgGGACGGCAGGcga < 2:146073‑M1/13‑2 (MQ=255) ccccagcacggcgatttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGt > 2:17624‑M1/108‑136 (MQ=255) tttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGt < 1:163003‑M1/13‑1 (MQ=255) tttgagctaaaccacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGt > 2:163003‑M1/94‑106 (MQ=255) ttgagctaaacctcgcaatttcttgcgagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcatcgcatttcgcgtgttttcactcagcctgTGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGa > 1:35189‑M1/93‑136 (MQ=255) tGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgg > 2:53403‑M1/1‑87 (MQ=255) tGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaacttctggtcgtcgtgc > 2:57956‑M1/1‑87 (MQ=255) cacgcaatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTg < 1:186332‑M1/55‑1 (MQ=255) aatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCg < 1:142854‑M1/60‑1 (MQ=255) aatttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCg < 1:141558‑M1/60‑1 (MQ=255) aatttcttgccagtttggcaagcctctctagaaccctgcgcccttcaacgcatttcgcgagttttcacacagactgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGACCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCg < 1:179078‑M1/60‑1 (MQ=255) aatttcttgccagtttggcaagccactctagatccctgcgcccttcaacgcattacgcgtgttttcacacagcctcGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGAATGACCGCGTGCTTGATGCg < 2:1417‑M1/60‑1 (MQ=255) tttcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGtt < 1:178104‑M1/62‑1 (MQ=255) tcttgccagtttggcaagcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCg > 2:197463‑M1/73‑136 (MQ=255) agcctctctagatccctgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATgg > 2:60795‑M1/57‑136 (MQ=255) ggCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCcagactgtgtgaaaacgcccgcggttgtctaaccttctggtcgtcgtgaccgtggggacaatcatgaagcgattcatcgaa < 1:153805‑M1/136‑82 (MQ=255) tgcgcccttcaacgcatttcgcgtgttttcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAg < 1:216088‑M1/96‑1 (MQ=255) tcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATgcg < 2:137368‑M1/93‑1 (MQ=255) tcacacagcctgGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATgcg > 1:137368‑M1/13‑105 (MQ=255) | TTCCAGGTTCTGGCGCACGTCTTCGGTGGCCTGGTCGATGCTGTGTTGCAGTTCTTCGTGGGCATTCTGCAGGGTTTCGGCCATGCGGTTGATGCCGTGGGCCAGTTCGTCCAGCTCATGGCTGCCCATGGTCGGCAGGCGTTCTTCGAGGTGGCCGTCCTTGAGCTGATTGACCGCGTGCTTGATGCGTTCGATGGGGTCGTTGATGGTGCGGCTCATGCGCAG > NC_002947/1848996‑1849220 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |