| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,037,793 | Δ1 bp | 6.9% | intergenic (+52/+84) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,037,793 | 0 | G | . | 6.9% | 397.5 / 25.2 | 131 | intergenic (+52/+84) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (51/69); new base . (5/4); total (56/75) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.01e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 | |||||||||||
Only 100 of 134 total aligned reads displayed.
ACCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATC > NC_002947/6037644‑6037942 | aCCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAg > 2:599664/1‑150 (MQ=255) ccGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGcc > 2:2852294/1‑150 (MQ=255) ccGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGGAAAACCGCGCCTACACGGGGTGCGCCAGcc > 1:2046464/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCa > 2:548751/1‑150 (MQ=255) ggggTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAat < 2:3281416/150‑1 (MQ=255) gggTAGCGCCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTA‑CCCCTTTAGGAGGGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatg < 1:5086064/150‑1 (MQ=255) ggaGCGCCAGCCTGGCC‑GTTGACGCTA‑CCCCTTTTGGTGGGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat < 1:1547124/148‑1 (MQ=255) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAcagg > 1:5269031/1‑66 (MQ=14) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAcagg > 1:5269032/1‑66 (MQ=14) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGTAcagg < 2:5269031/69‑4 (MQ=14) gTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgat > 2:5181924/1‑150 (MQ=255) tAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatg > 1:3508904/1‑150 (MQ=255) tAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatg > 1:3508815/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCT‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 1:2760648/150‑1 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCCCAATCCACCCAGGCTCGACCGGCGACACCGGCGCCCCGGCGCCCatgatgag > 2:2998599/1‑149 (MQ=38) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat > 2:749635/1‑150 (MQ=255) gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:2678385/150‑1 (MQ=255) ccgcCACCCTCGCA‑GTTCACCCAA‑CCCCAGAAGCAGCGGCAAAACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAACGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:1454577/149‑1 (MQ=255) cgcCAGCCTGGCT‑GTTGCCGCTA‑CCCGTTTTGGTGGGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 1:599664/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg > 2:2734954/1‑147 (MQ=255) aGCCTGGCA‑TTTGACTCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGGGCCCGAACTGACCCTATAATGCTCTCAGTACTACCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGTCTCCCCATCACCAATGATCATGTGAt > 2:4687775/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt > 1:4838156/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc < 2:2906064/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc > 2:687866/1‑150 (MQ=255) | ACCCGACGGCGGCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATC > NC_002947/6037644‑6037942 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |