| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_002947 | 5908776 = | 113 (0.470) | 31 (0.150) | 11/242 | NT | 22.1% | intergenic (+27/+80) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | 5908836 = | 119 (0.560) | intergenic (+87/+20) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
CATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCT > NC_002947/5908627‑5908925 | cATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATG > 1:1241718‑M1/1‑150 (MQ=255)cATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATG > 2:3537743‑M1/1‑150 (MQ=255) ggtacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGc > 1:3643270‑M1/149‑150 (MQ=255) tacttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGccc < 2:1404237‑M1/4‑1 (MQ=255) cttcagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcgtGCCCGc > 2:3199714‑M1/145‑150 (MQ=255) tGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTC < 1:1136500‑M1/150‑1 (MQ=255) tGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTC < 2:2090777‑M1/150‑1 (MQ=255) gCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCgaa < 1:2674121‑M1/150‑4 (MQ=255) ccagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTc > 2:2292089‑M1/143‑150 (MQ=255) cagccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTcc > 2:2399995‑M1/142‑150 (MQ=255) ccgccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCcac < 1:3537743‑M1/12‑1 (MQ=255) cAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACA < 1:1475525‑M1/150‑1 (MQ=255) cAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACA < 1:4030314‑M1/150‑1 (MQ=255) ggAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGG < 2:1367104‑M1/150‑1 (MQ=255) gccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAg < 2:4132281‑M1/14‑1 (MQ=255) ccaggccgaagagcgtcgtcgcaaggcgattcagcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAgg > 1:3174087‑M1/136‑150 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 2:505621/150‑1 (MQ=255) tgtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcaccac < 1:88701/150‑1 (MQ=255) tgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:1726670/150‑1 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCCCAAcc > 2:3456165/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:5467178/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:3777352/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc < 1:328374/150‑1 (MQ=255) 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ccGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCtgt < 1:1009046/150‑1 (MQ=255) ggTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGa < 1:1434200/150‑1 (MQ=255) ggTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGa < 1:3818993/150‑1 (MQ=255) gTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAg < 2:2835692/150‑1 (MQ=255) aTTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACGATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTcc > 2:805787‑M2/1‑148 (MQ=255) 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agcaggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccc > 2:4854263‑M1/104‑150 (MQ=255) gttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctg > 1:3075354‑M2/1‑145 (MQ=255) ttgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt > 2:1145267‑M2/1‑144 (MQ=255) tgCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtg > 2:626572‑M2/1‑143 (MQ=255) aggcgatcgaagagggtgctgcagccaacgcttcgcagccgcaggtcaagcgcccggcgcaggtggctgcgtcggcctgacctggccctttcgcgggcacGCCCGCTCCCACAGGGACC‑CCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCtgtg > 1:2081651‑M1/101‑150 (MQ=255) 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2:3056098/147‑1 (MQ=255) gaTGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCtt < 2:4450453/149‑1 (MQ=255) cTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCCTGCCCGCCCCCAAACGGCTCACCACAACCCGGAAGGCGGTGTGGGCCCCGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCCCAACGGCCAGGTCAGGCCGACCCACCCCCCGGCGCCGGGCGCGTGACCt > 2:19820/1‑150 (MQ=255) cgggAGCC‑TTCGCGGGCAGGCCCGCGCCCACCGGGCTCACCACACCCCTGAAGGCTGGGAGGTCCCTGGGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGc < 1:69242/148‑1 (MQ=255) tGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCGGTGAGGTCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCg > 2:4535412/1‑150 (MQ=255) gAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTcc < 1:1376849‑M2/62‑3 (MQ=255) gAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTcc > 2:1376849‑M2/1‑60 (MQ=255) cc‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcg > 1:2892040‑M2/1‑57 (MQ=255) ttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTg > 1:5405344/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTg > 1:5536756/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCGGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGGCAGGCCGACGCAGCCCCCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTg > 2:152327/1‑150 (MQ=255) ttCGCGGGCATGCCCGCTACCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGGTGGCTg > 2:48347/1‑150 (MQ=255) cgcgggcagGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGATGGCTGTGAGGGCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgca > 1:4251162‑M1/10‑150 (MQ=255) cgcgggcagGCCCGCCCCCACCGGGCTCACCACAACCCTTAAGGCTGTGAGGTCCCTGGGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgca > 1:1914984‑M1/10‑150 (MQ=255) ggccaggcccgcccCCACCGGGCACACCACAACCCTGACGGCTGTGCGGGCCGTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTgcagca < 1:155102/144‑1 (MQ=255) gCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAcc < 2:1241718/150‑1 (MQ=255) gCATGCCCGCACCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAcc < 2:4221239/150‑1 (MQ=255) cATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCAccc < 1:5467178/150‑1 (MQ=255) aTGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCct > 1:3625552/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaag > 2:5043700‑M1/1‑16 (MQ=255) gCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaag < 1:1848745‑M2/150‑107 (MQ=255) | CATGCGCTGCGGCAGGAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCC‑TTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCT > NC_002947/5908627‑5908925 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |