| New junction evidence | |||||||||||
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| * | ? | NC_002947 | = 5908791 | 113 (0.470) | 17 (0.080) | 12/242 | NT | 13.4% | intergenic (+42/+65) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease |
| ? | NC_002947 | = 5908819 | 119 (0.560) | intergenic (+70/+37) | PP_5176/spuH | hypothetical protein/spermidine/putrescine ABC transporter permease | |||||
Only 100 of 279 total aligned reads displayed.
GAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTG > NC_002947/5908642‑5908939 | gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGG < 2:4033651‑M1/150‑1 (MQ=255)gAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCGCCCACCGGG > 1:523786‑M1/1‑150 (MQ=255) aaGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGc > 2:3840239/1‑150 (MQ=255) gtgtgtGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcac < 2:505621/150‑1 (MQ=255) tgtgtgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTcacc < 1:3170175/150‑1 (MQ=255) tgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:800/150‑1 (MQ=255) tgGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:1726670/150‑1 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:5467178/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACATAGTTGCCAATCCCTTGAGGGCACGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCCGGCAAGCCCGCTCCCACAGCGCGCACCACAAcc > 2:1187394/1‑150 (MQ=255) gTTCATGTAGCCCGGTACAGTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCACCCACAGGGCTCACCACAAcc > 2:591253/1‑150 (MQ=255) tCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATTCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCt > 2:1571783/1‑150 (MQ=255) tCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGccctcacagccttc < 1:2471516‑M1/150‑15 (MQ=255) tCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGccctcacagccttc < 1:3559129‑M1/150‑15 (MQ=255) cATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGGacctcacagccttca < 1:5445228‑M1/150‑16 (MQ=255) aTGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGa < 2:4863058/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGTGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 2:2914738/150‑1 (MQ=255) tGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGaa < 1:3906510/150‑1 (MQ=255) cccGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCGGAAGGcgg > 2:701173/1‑148 (MQ=255) 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cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtggga < 2:2019894‑M1/150‑39 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACaa < 1:903608/122‑1 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt > 1:4153933‑M2/1‑140 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgt < 2:4153933‑M2/146‑7 (MQ=255) cAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCAGAAGGCTGTGAGGTcccggtggga < 2:3975067‑M2/150‑11 (MQ=255) 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CCCGCTCCCACCGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCtt > 2:665730‑M1/1‑150 (MQ=255) CCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCtt < 2:3327626‑M1/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgagcaatccagccctcaaggg > 1:3867810‑M1/1‑14 (MQ=255) CCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGAc > 1:385786‑M1/1‑114 (MQ=255) cGCCCCCCCCGGGacctcacagccttctgtttggggtggcgccgggtgggagcgggcttgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaaggga < 1:1419485‑M1/150‑138 (MQ=255) GCTCCCCCCGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGCGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGa > 1:567719‑M1/1‑150 (MQ=255) cgcccccaGGGacctcacagccttctgggttgtggtgagccctgtgggagcgggaatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggatt < 2:326552‑M1/148‑140 (MQ=255) ccACAGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggc > 2:3101612‑M1/1‑8 (MQ=255) ccACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgggcgtgcccgcgaaagctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggc < 2:2015024‑M2/150‑115 (MQ=255) CCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGc < 2:1316960‑M1/150‑1 (MQ=255) cacaGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggca > 2:626572‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggca > 1:1251700‑M1/1‑7 (MQ=255) cacaGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggca > 2:2811895‑M1/1‑7 (MQ=255) CACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGcc < 2:1195055‑M1/150‑1 (MQ=255) CACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGcc < 1:4131428‑M1/150‑1 (MQ=255) acaGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaa > 2:1145267‑M1/1‑6 (MQ=255) ACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCct < 1:4710602‑M1/150‑1 (MQ=255) caGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaac > 1:3075354‑M1/1‑5 (MQ=255) aGGGacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaaca > 2:531243‑M1/1‑4 (MQ=255) gggCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctccagcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccaatccagccctcaagggattggcaacaa < 1:4563847‑M2/150‑120 (MQ=255) GGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCctgct > 1:2703489‑M1/1‑150 (MQ=255) ggacctcacagccttcagggttgtggtgagccctgtgggagcgggcatgcccgcgaaggctcccgcaccgattcaaagccataccgcatcccaatgtggatagtccctgatacttctgaccactccagccctcaagggattggcaccaat > 2:805694‑M1/1‑2 (MQ=255) GGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACACAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCctgctg < 2:903470‑M1/150‑1 (MQ=255) | GAAGAGTGTGTGGTTCATGTAGCCCGGTACATTGTTGCCAATCCCTTGAGGGCTGGATTGGTCAGAAGTATCAGGGACTATCCACATTGGGATGCGGTATGGCTTTGAATCGGTGCTGGAGCCTTCGCGGGCATGCCCGCTCCCACAGGGCTCACCACAACCCTGAAGGCTGTGAGGTCCCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAAAGGGCCAGGTCAGGCCGACGCAGCCACCTGCGCCGGGCGCTTGACCTGCGGCTGCGAAGCGTTGGCTGCAGCACCCTCTTCGATCGCCTGCTG > NC_002947/5908642‑5908939 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |