| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,930,602 | A→G | 5.2% | D294D (GAT→GAC) ‡ | peaA ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,930,602 | 0 | A | G | 5.2% | 750.1 / 18.1 | 230 | D294D (GAT→GAC) ‡ | peaA | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (108/110); new base G (6/6); total (114/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
Only 100 of 232 total aligned reads displayed.
GCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCTCATCACCCCAC > NC_002947/3930453‑3930750 | cTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATc > 1:1009663/1‑150 (MQ=255) aCGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAACCt < 1:4725434/150‑1 (MQ=255) cGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCtt < 1:3596008/150‑1 (MQ=255) cGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCtt < 2:1895465/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAACCtgc < 1:3788338/150‑3 (MQ=255) ccGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTca < 1:1263701/150‑1 (MQ=255) ccGGTTGTACCGCCAGCAACGGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTca < 1:2864803/150‑1 (MQ=255) cGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTcac > 2:4588278/1‑150 (MQ=255) aCCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑ccc < 2:1800305/150‑1 (MQ=255) ccGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑cccc > 2:327809/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAAcc > 1:1425942/1‑136 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAAcc < 2:1425942/136‑1 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCg > 2:5593025/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCg > 2:2804659/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTAAGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCg > 2:2804919/1‑150 (MQ=255) ccAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGcc < 1:3189567/150‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCa > 2:3749542/1‑150 (MQ=255) cAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCa < 2:3786498/150‑1 (MQ=255) cAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCa > 1:4343743/1‑150 (MQ=255) cAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTc < 1:5505865/150‑1 (MQ=255) tGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCAGCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATaa > 1:2066099/1‑150 (MQ=255) cgcCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAAcc > 2:4063762/1‑150 (MQ=255) ccttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGt < 1:259501/150‑1 (MQ=255) ccttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGt > 1:2548710/1‑150 (MQ=255) cttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGtt < 2:5131038/150‑1 (MQ=255) atgcctaCATTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTC‑CCCCGCCATTCATAACCGTTg < 2:2648267/149‑1 (MQ=255) ccttATTTTTCGGCGCTGAAATCCAGGACGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATTCGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGAGCGTCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATAGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTAc < 2:2321159/150‑1 (MQ=255) cttcttTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACa < 2:5619948/150‑1 (MQ=255) ttcttTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACAGTG‑CCCCGCCCTTCATAACCGTTGTACAg > 2:3413986/1‑150 (MQ=255) ttttACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGAt > 1:4910131/1‑150 (MQ=255) tACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGc < 1:562768/150‑1 (MQ=255) ggCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGa < 1:5556288/150‑1 (MQ=255) tGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGc < 2:4001917/150‑1 (MQ=255) 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cATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTAt < 2:462990/150‑1 (MQ=255) cATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCAACGCCAAACTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGAGTAACGTAGGCGTAACAGCCCTTGACCTCGAACTAGAATGTAt > 1:613515/1‑150 (MQ=255) aTCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATc > 2:3552628/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGc < 2:5222052/150‑1 (MQ=255) cggcgAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCtctc < 2:2173432/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGAAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGAc > 2:1042763/1‑150 (MQ=255) ggCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGc < 2:1669213/150‑1 (MQ=255) ggCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGc > 1:2644800/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCt < 2:101776/150‑1 (MQ=255) gcAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCtca > 2:5085364/1‑150 (MQ=255) 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ggCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCTCATCAcccc < 1:1726805/150‑1 (MQ=255) | GCCTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCTCATCACCCCAC > NC_002947/3930453‑3930750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |