| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,930,603 | T→A | 5.7% | D294V (GAT→GTT) ‡ | peaA ← | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,930,603 | 0 | T | A | 5.7% | 768.2 / 21.9 | 230 | D294V (GAT→GTT) ‡ | peaA | quinohemoprotein amine dehydrogenase subunit alpha |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (106/110); new base A (8/6); total (114/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 239 total aligned reads displayed.
CTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCTCATCACCCCACGT > NC_002947/3930455‑3930752 | cTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATc > 1:1009663/1‑150 (MQ=255) ttGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCg < 1:2843428/150‑1 (MQ=255) tgatgaACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGc > 2:4413006/1‑150 (MQ=255) cGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCtt < 2:1895465/150‑1 (MQ=255) gCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAACCtgc < 1:1399013/150‑3 (MQ=255) ccGGTTGTACCGCCAGCAACGGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTca < 1:2864803/150‑1 (MQ=255) ttGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACAtt > 1:1669213/1‑150 (MQ=255) ccGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑cccc > 2:327809/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCGATGCCAAcc > 1:1425574/1‑136 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCg > 2:2804659/1‑150 (MQ=255) cGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTAAGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCg > 2:2804919/1‑150 (MQ=255) cAGCAACTGCGCCTTGCCGTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCa > 2:3749515/1‑150 (MQ=255) cAGCAACAGAGCCTTGCCTTCATTTAAGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCAACGTGATCGGCTTCGAACATACGCCCTTTCATCTCGCCATCAAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATAT‑CCCCGCCa > 2:3749636/1‑150 (MQ=255) ccttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGt < 1:4130438/150‑1 (MQ=255) ttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTg < 2:2170703/150‑1 (MQ=255) ttgccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTg > 1:4017197/1‑150 (MQ=255) atgcctaCATTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTC‑CCCCGCCATTCATAACCGTTg < 2:2648267/149‑1 (MQ=255) ccttCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTAc < 2:4189402/150‑1 (MQ=255) 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ttttACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGAt > 2:1446071/1‑150 (MQ=255) tACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGc < 1:562768/150‑1 (MQ=255) gcgcTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAg > 2:3867280/1‑150 (MQ=255) cTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCg < 1:5470505/150‑1 (MQ=255) cTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCg < 1:3188598/150‑1 (MQ=255) cTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCg < 1:206316/150‑1 (MQ=255) tGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGc > 2:1104060/1‑150 (MQ=255) tGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGc > 1:4376708/1‑150 (MQ=255) tGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGc < 1:4694001/150‑1 (MQ=255) aaaTCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTg > 2:5356666/1‑150 (MQ=255) 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CTTGATGAACGCCGGTTGTACCGCCAGCAACTGCGCCTTGCCTTCTTTTACGGCGCTGAAATCCAGGCCGCGCTCATCGTGATCGGCTTCGAACATACGGCCTTTCATCTCGCCATCCAGCGCGGCGAACACCTGGCGCAGGTTGGCATCGCCAACCTTCACATTG‑CCCCGCCATTCATAACCGTTGTACAGGATGGCCGAGCCGCTGCCGTTGAACGGTGTACCGTCGGCGTAAGCGCCCTTGACCTCGACCTTGAAGGTATCGCCCTCTCCGGCCGTGACGCTCATCACCCCACGT > NC_002947/3930455‑3930752 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |