| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,938,985 | A→T | 5.5% | L474Q (CTG→CAG) | PP_3467 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,938,985 | 0 | A | T | 5.5% | 905.8 / 26.9 | 264 | L474Q (CTG→CAG) | PP_3467 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (135/114); new base T (4/11); total (139/125) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.95e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 267 total aligned reads displayed.
CAGCAGGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATGGGCCTGCATCAGCCGC > NC_002947/3938837‑3939134 | cagcagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAg < 2:3980926/150‑1 (MQ=255) agcagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgc < 2:2487835/150‑1 (MQ=255) agcagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgc < 1:4326732/150‑1 (MQ=255) gcagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgcg > 1:2964931/1‑150 (MQ=255) cagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgcgc < 1:4968974/150‑1 (MQ=255) cagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgcgc < 1:4759508/150‑1 (MQ=255) cagGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAgcgc < 1:2285337/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCTGATCTGCGCCa < 1:243609/150‑1 (MQ=255) ggCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCTGATCTGCGCCa < 1:3462542/150‑1 (MQ=255) ccTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGt > 1:1953897/1‑150 (MQ=255) ccTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGt < 1:4648648/150‑1 (MQ=255) ccTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGt < 1:1815331/150‑1 (MQ=255) cTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCTGATCTGCGCCAccca < 1:422238/150‑4 (MQ=255) cTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGTCACGTc < 2:5499138/150‑1 (MQ=255) cTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGTCACGTc < 2:2637049/150‑1 (MQ=255) cTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTc > 2:4012345/1‑150 (MQ=255) cTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTc < 1:1452068/150‑1 (MQ=255) gatCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTc < 2:3267825/150‑1 (MQ=255) 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gTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGc > 2:5531919/1‑150 (MQ=255) cTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGa > 1:1762873/1‑150 (MQ=255) cTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGa < 2:2319100/150‑1 (MQ=255) ttCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAg > 2:5054988/1‑150 (MQ=255) ttCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAg > 1:5261081/1‑150 (MQ=255) 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cAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAg > 1:4427235/1‑150 (MQ=255) cAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAg < 2:1406140/150‑1 (MQ=255) aGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAgg < 2:3647346/150‑1 (MQ=255) cTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGt > 2:1792135/1‑106 (MQ=255) ttGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGc > 1:433966/1‑150 (MQ=255) ttGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATGTCGTCGAGGAACAGc > 2:867539/1‑150 (MQ=255) gAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGt < 1:5595754/150‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGc < 2:370247/146‑1 (MQ=255) ggTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGc > 1:370247/1‑146 (MQ=255) ggtgggtgGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCAt > 2:3895068/1‑150 (MQ=255) ggtgggtgGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCAt > 2:2525010/1‑150 (MQ=255) gtgggtggCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATg < 2:2965079/150‑1 (MQ=255) tgggtggCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATgg < 2:4609185/150‑1 (MQ=255) acgtggCGCTGATCTGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATggg > 1:5111346/3‑150 (MQ=255) acgtggCGCTGATCTGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATggg > 1:5001897/3‑150 (MQ=255) gtggCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATGGGcc > 1:4194153/1‑150 (MQ=255) 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aGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATGGGCCTGCATCAgccgc < 2:4855148/150‑1 (MQ=255) | CAGCAGGCCCTGGATGATCGCCGCCAGGTCGTCGCGTTCACGCAGGGCCGGCAGGCGCAGCGACACACCGTTGACCCGGTAGAACAGGTCTTCACGGAAGTGCTGCTCCTGCACCAGGCGCTTGAGGTCGCGGTGGGTGGCGCAGATCAGCGCCACGTCGATGTCCTGCTCGTCACCCGCCCCCAAGGGTGCTACGCGGCGCTCCTGCAGTACCCGCAACAGGCGTGCTTGCAGGGCGAGCGGCATGTCGCCGATTTCGTCGAGGAACAGCGTGCCACCATGGGCCTGCATCAGCCGC > NC_002947/3938837‑3939134 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |