| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 3,979,383 | T→C | 6.0% | N28S (AAC→AGC) ‡ | PP_3503 ← | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 3,979,383 | 0 | T | C | 6.0% | 799.8 / 24.7 | 251 | N28S (AAC→AGC) ‡ | PP_3503 | sigma‑54 dependent transcriptional regulator |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (101/134); new base C (5/10); total (107/144) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.93e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.51e-01 | |||||||||||
Only 100 of 263 total aligned reads displayed.
CGGCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACA > NC_002947/3979234‑3979532 | ggCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGtt < 1:1134342/150‑1 (MQ=255) ggCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGtt > 1:2778572/1‑150 (MQ=255) aaTCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTgcg > 1:1034897/1‑150 (MQ=255) ccATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAg < 1:4986638/150‑1 (MQ=255) cATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAgg > 2:2483624/1‑150 (MQ=255) ttCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCATGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGcc > 2:3352029/1‑150 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCa < 2:1710714/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCa < 1:4786571/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCa < 1:5114870/150‑1 (MQ=255) tCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctg < 1:4188146/150‑3 (MQ=255) cGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAg < 1:3703534/150‑1 (MQ=255) cGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAg < 1:1178732/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAgg < 1:4146416/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAgg < 1:3121200/150‑1 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctggg < 1:1227445/150‑5 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGCAACGCAGGctggg < 2:3936059/150‑5 (MQ=255) ggTGTTGCTGCGCTTGATCAGGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAgg < 2:558864/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAAc > 2:2347746/1‑150 (MQ=255) ctgcGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAg > 2:1575380/1‑150 (MQ=255) tgcGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGc > 2:2012326/1‑150 (MQ=255) cgcTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCgg < 2:4329460/150‑1 (MQ=255) gcTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGt < 1:4539949/150‑1 (MQ=255) gcTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGt < 1:3417663/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCTGTTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg < 2:229202/150‑1 (MQ=255) cTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTg > 1:868840/1‑150 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg < 2:892795/150‑1 (MQ=255) ttGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTgg > 1:3774676/1‑150 (MQ=255) gTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAtcgtc < 1:2988542/150‑1 (MQ=255) tCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAAtcgtcg > 2:5067966/1‑150 (MQ=255) ttGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAg < 2:844798/150‑1 (MQ=255) cgcgTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTc > 1:1465539/1‑150 (MQ=255) cGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGAt < 1:1780628/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGAt < 1:4675848/150‑1 (MQ=255) cGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGAt > 2:601711/1‑150 (MQ=255) gggTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATa > 2:209157/1‑150 (MQ=255) ggTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATaa < 1:667469/150‑1 (MQ=255) cTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCaaa < 2:1200880/150‑1 (MQ=255) cAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACg > 2:277713/1‑150 (MQ=255) 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cTGCAAGCGCTATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCAGACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCATACGGCGTTGAGCGGc < 2:363567/150‑1 (MQ=255) tGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCa > 2:1838224/1‑150 (MQ=255) cAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAgg > 2:3500207/1‑150 (MQ=255) cAAGCGCAATAGCCCGACATCGAACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAgg < 1:3946146/150‑1 (MQ=255) aaGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGgc > 2:4786516/1‑150 (MQ=255) 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tCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGt > 1:4615754/1‑150 (MQ=255) ccACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGtt > 1:1970576/1‑150 (MQ=255) acaTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgt > 2:1478624/1‑150 (MQ=255) acaTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgt > 2:697344/1‑150 (MQ=255) caTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACACGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgtg < 2:3774676/150‑1 (MQ=255) caTCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTtgtg < 2:4716999/150‑1 (MQ=255) acctggCCTGCGCAACGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGgc > 2:5386289/6‑150 (MQ=255) cccAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGgcg > 2:1331154/1‑150 (MQ=255) tggCCTGCGCAACGCATGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 2:4854897/3‑150 (MQ=255) tggCCTGCGCAACGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGcc > 1:4925320/3‑150 (MQ=255) 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ttGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGGGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACa < 1:4685172/150‑1 (MQ=255) ttGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACa > 1:5573861/1‑150 (MQ=255) | CGGCAATCCATTCGGTGTTGCTGCGCTTGATCATGTCCTTGACCGCGTCCGGGTGCCTCAGGTGCGAAGCCTGCAAGCGCAATAGCCCGACATCGCACGTGTGGTCCAGCGCAGCCCCGAGCATACAGCTGTCCACATCCCAGCCTGCGTTGCGCAGGCCAGGTAACAAGCGGTGGCAATCGTCGCAGGGGTCGACGATAAGCAAACGGCGTTGAGCGGCAGGCTGCTGCATGACCGATCCTTGGCGCCAGTTTTTGGTTTTTTGAAGTAAAACAGCAAGTTGTGGCGCCCGTTTAACA > NC_002947/3979234‑3979532 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |