Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,155,065 | A→C | 5.0% | intergenic (+71/‑326) | PP_3654 → / → PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 4,155,065 | 0 | A | C | 5.0% | 434.4 / 3.3 | 158 | intergenic (+71/‑326) | PP_3654/PP_3655 | leucine‑responsive regulatory protein/cytosine/purine/uracil/thiamine/allantoin permease family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (68/70); new base C (6/4); total (78/80) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.45e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 158 total aligned reads displayed.
GTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCCTCTACCCCAAGGCCTTCAGCCAGCTGGCACTCTCCTTG > NC_002947/4154918‑4155213 | gTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCCCCAGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGc > 2:5210538/1‑150 (MQ=255) tATTCACAATGTCAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCGCCAGC‑AAAAGTGAAGTACACCGTAGCAGGATC‑g > 2:2707102/1‑150 (MQ=255) aTTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑gg < 2:1477339/150‑1 (MQ=255) 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aaaCGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCAGC‑AAAGGTGACGTAGCCCCTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGa > 2:550231/1‑150 (MQ=255) aaCGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCCCCAGC‑AAAGGTGACGTAGCCCCTCGCAGGAGC‑GGGTTTTACcgcgca > 1:1255173/1‑148 (MQ=255) cGCTTGAGCTCGACCTTGGTTATGAAGGATGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAaga < 2:1653614/150‑1 (MQ=255) cGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAaga < 2:4489609/150‑1 (MQ=255) gCTTGTGCTCGCCCTTGGTGATGAAGGATGTGATCCCGTATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGA‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAagag < 2:755848/150‑1 (MQ=255) 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gAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCCGCTACCCCAAGGCCTTCAGCCAGCTGGCACTCTCCTTg > 1:1787872/1‑150 (MQ=255) | GTATTCCCAATGTGAAACGCTTGAGCTCGACCTTGGTGATGAAGGAAGTGATCCAGGATCGGTTGCTCCCCATGTAGCTGTTTCCTCTTGTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCGCCTGC‑AAAGGTGACGTAGCCCGTCGCAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGCAACCTTTCATCTGCCCTGAAAACGCGCACATCGCACCAACCCAGCCCACCGTGATCCGGTTGCCACCCCCGCCGCCCCTCTACCCCAAGGCCTTCAGCCAGCTGGCACTCTCCTTG > NC_002947/4154918‑4155213 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |