Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 4,245,240 | C→A | 6.1% | A15S (GCT→TCT) | PP_3717 ← | LuxR family transcriptional regulator |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,245,240 | 0 | C | A | 6.1% | 850.0 / 28.3 | 252 | A15S (GCT→TCT) | PP_3717 | LuxR family transcriptional regulator |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/126); new base A (7/9); total (117/135) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 258 total aligned reads displayed.
GCCGATGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGTGATGATCAACGG > NC_002947/4245091‑4245389 | tGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGcc < 2:7313/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCa < 2:5102006/150‑1 (MQ=255) ggCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCa < 2:1294484/150‑1 (MQ=255) cAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAgg > 1:4541849/1‑150 (MQ=255) aGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGc < 1:146972/150‑1 (MQ=255) aGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGc < 1:4731129/150‑1 (MQ=255) gCGGCCACCTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCAGGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGCa < 1:3928542/150‑1 (MQ=255) gCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCa > 1:3977074/1‑150 (MQ=255) acaTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCcg > 2:5128659/1‑150 (MQ=255) acaTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCcg > 2:202787/1‑150 (MQ=255) aTACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCcgcg > 1:3806639/1‑150 (MQ=255) cTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGcac > 1:755468/1‑150 (MQ=255) tCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGcaca > 2:4933583/1‑150 (MQ=255) cAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGc > 2:2617850/1‑150 (MQ=255) gcgcCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCCTTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGccc > 1:1037755/1‑150 (MQ=255) ccTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCttt > 2:5511534/1‑150 (MQ=255) tCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTgc < 1:2592863/150‑1 (MQ=255) tCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTgc > 1:2715850/1‑150 (MQ=255) 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cAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTgg > 1:2272995/1‑150 (MQ=255) cgcgcTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAg > 1:196285/1‑150 (MQ=255) cgcgcTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCGTGGTACAg > 1:2019438/1‑150 (MQ=255) cgcTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGc > 2:5007267/1‑150 (MQ=255) cTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACCGCCCTTTGCGCGCGGTTCTGCGGCCTGGGGCCAGGccg > 2:3295297/1‑149 (MQ=255) 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ggAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGAtct > 2:5206776/1‑150 (MQ=255) gagaGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGAtctc < 1:2042703/150‑1 (MQ=255) agagGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCGAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCg < 2:4033491/150‑1 (MQ=255) agGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTc > 1:4091163/1‑150 (MQ=255) ggCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCGTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTcc > 1:4449412/1‑150 (MQ=255) gCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCa > 1:15253/1‑150 (MQ=255) ccTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCAc < 1:326884/150‑1 (MQ=255) gtGCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCAt > 2:5557868/2‑150 (MQ=255) tGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATg < 1:5239493/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCAGGCTAGACTGCCGGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATgg > 2:2772078/1‑150 (MQ=255) 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cccGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATggg > 2:3463991/1‑150 (MQ=255) ggCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGtga < 2:817947/150‑1 (MQ=255) gCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGtgat < 2:1787778/150‑1 (MQ=255) gCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGtgat < 1:4730218/150‑1 (MQ=255) gCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGtgat < 2:2715850/150‑1 (MQ=255) 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gCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGTGATGATCAACg > 1:2638975/1‑150 (MQ=255) ccTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGTGATGATCAACgg < 2:5335952/150‑1 (MQ=255) | GCCGATGGCAGCGGCCACATACTCCAGCGCCTCGGGGGTTTCACCATGGGCCAGGGCGCGCTGCAACGCCACGTGCCACTGCTGCAGCGCGCCCATTGTGAGGGTAAGCGGGGTATCGGGAGAGGCCTGGGTCATGCCCGGCAGTCTAGCCTGCCAGGCACGCCCGCGCACAGCCCTTTGCGCCAGGTTCATCGGCCTTGGTACAGGCCAAGCGCCGTGAGTTCACGCGCGGTCTCAATGATGCACTGGCGCAGGGTCTCGACGATCTCGTCCACCTGCGCATGGGTGATGATCAACGG > NC_002947/4245091‑4245389 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |