| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,384,135 | G→A | 5.3% | A114A (GCG→GCA) A66V (GCG→GTG) ‡ |
PP_5639 → PP_3855 ← |
hypothetical protein hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,384,135 | 0 | G | A | 5.3% | 780.3 / 20.7 | 243 | A114A (GCG→GCA) A66V (GCG→GTG) ‡ | PP_5639 PP_3855 | hypothetical protein hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (136/94); new base A (6/7); total (142/101) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.93e-01 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TACATTCAGACCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTT > NC_002947/4383987‑4384283 | tcATTCAGACCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCa < 2:5371094/149‑1 (MQ=255) tCAGACCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGct > 2:820169/1‑150 (MQ=255) cAGACCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGctc < 2:4790514/150‑1 (MQ=255) aCCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGc < 2:3902423/150‑1 (MQ=255) aTACGAGAGTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCGGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCCGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGa < 2:25578/150‑1 (MQ=255) tACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAg < 2:4266569/150‑1 (MQ=255) gagaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCt > 2:2440353/1‑150 (MQ=255) gagaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCt > 1:2990444/1‑150 (MQ=255) gagaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCt < 1:3534206/150‑1 (MQ=255) gagaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCt > 1:4874909/1‑150 (MQ=255) gaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTc < 1:2185886/150‑1 (MQ=255) gaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAGCCtga < 1:2329938/150‑3 (MQ=255) gaTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAGCCtga < 1:1143644/150‑3 (MQ=255) aTTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCg < 1:4467229/150‑1 (MQ=255) ttCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCGGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGc < 2:1819161/150‑1 (MQ=255) tCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGGTCGGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCa < 2:5445095/150‑1 (MQ=255) cTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCaa < 1:4104857/150‑1 (MQ=255) tGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAAt > 2:2062360/1‑150 (MQ=255) 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cTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCa > 1:1223365/1‑150 (MQ=255) ttCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAg < 1:3776294/150‑1 (MQ=255) ccGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGACCTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCcct > 2:936896/1‑150 (MQ=255) ccGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCcct > 1:5080537/1‑150 (MQ=255) gATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCtgt < 1:1694596/150‑1 (MQ=255) cTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagc > 1:2637711/1‑150 (MQ=255) cTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagc > 1:3222649/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcg > 2:2610823/1‑150 (MQ=255) tCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcg > 2:2176029/1‑150 (MQ=255) aGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcgga < 1:2208609/150‑1 (MQ=255) aGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcgga < 2:66377/150‑1 (MQ=255) gCTCCGGCAGAGCCTGCGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcggagc > 2:440436/1‑150 (MQ=255) atcattgcgaAGGCTCCGGCAGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTggagcggagc > 1:1332193/7‑150 (MQ=255) cTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTCGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGgagcggagcg < 2:1776598/150‑1 (MQ=255) tCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGagcggagcgg > 1:3934642/1‑150 (MQ=255) tCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGagcggagcgg > 1:1477266/1‑150 (MQ=255) cGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGa < 2:4643885/97‑1 (MQ=255) cGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGa > 1:4643885/1‑97 (MQ=255) cGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCt > 1:1996903/1‑150 (MQ=255) gcgcAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCtgt < 1:4166692/150‑1 (MQ=255) | TACATTCAGACCCATACGAGATTCTGATCGACATGGCTGCGTCTGGCGTTGCTGACACAATTGTTCTGCCCTACACCAGCTATCAGCAATACAAGCTAGGCAATATGGTGATACCAAGCTTCAGCCCGCAGATGCCTCAGGCTCCGGCGCAGGCTCTGCCGGAGCCTTCGCAATGATCGACACCTTAGCGCTGTAATCCTTCAGTACCTGGTCGGTTAATACCTGCGCAGTCGGGAACTGACTCAGGATCGCGCGGGCACGGGTATCAGCCCCCTCCTGTGGAGCGGAGCGGCTGTT > NC_002947/4383987‑4384283 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |