| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,592,690 | G→T | 6.3% | R40R (CGC→CGA) ‡ | PP_4063 ← | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,592,690 | 0 | G | T | 6.3% | 849.1 / 33.6 | 252 | R40R (CGC→CGA) ‡ | PP_4063 | long‑chain fatty acid‑‑CoA ligase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (108/128); new base T (10/6); total (118/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.08e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 262 total aligned reads displayed.
CTGGCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCGGGACACCAGGGCCTCGCTGTCGCAACAGCGGGCCACGGTGGCATCGAAGGCCTGGCCGATGGTCTGGGTCAGCAAGGGTCGGTCCTGGCGACCGCGGGTATAGCTCGGTTGACTCATGGGTGTCCCTTCTTGTGGTTGTTTTGG > NC_002947/4592541‑4592836 | gCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCgg < 1:830666/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCgg < 1:4323445/150‑1 (MQ=255) gCCAGCTGCAAGATGCACCACTGGGCGCAGTTGGGCGACCAGATGCCAACACGGTCGCCGGTGTTCACGCCCAGTGCGATCAGGGCGCGGGCGTATATTTCGACCTGTTCGGCCAACTGCCGCCAGCTGTAACGCAGGCCCTGGTGGCgg < 1:3060312/150‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |