| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,674,727 | G→A | 5.5% | V22M (GTG→ATG) ‡ | nuoN → | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,674,727 | 0 | G | A | 5.5% | 800.7 / 22.2 | 252 | V22M (GTG→ATG) ‡ | nuoN | NADH‑quinone oxidoreductase subunit N |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (137/101); new base A (4/10); total (141/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.00e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 281 total aligned reads displayed.
CGACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4674578‑4674875 | gACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggt > 2:2549299/1‑150 (MQ=255) cacCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtgg < 2:1263777/150‑1 (MQ=255) ccTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtg < 1:69926/150‑1 (MQ=255) ctctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCTCTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtgg > 2:1725052/1‑150 (MQ=255) tctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtggt > 1:4201020/1‑150 (MQ=255) tctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACggtggtggt < 1:3688943/150‑1 (MQ=255) ctGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCACCACCGTGgtgatggtg < 2:5068778/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGAt < 1:1284404/150‑1 (MQ=255) gccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGAt < 2:1915110/150‑1 (MQ=255) cctacaacaTGAGTTGTGTGCAGCAGTGTCTCGGATACTCTTTCACTCTACTCTCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATg < 2:5392640/143‑1 (MQ=255) ccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATg > 1:117210/1‑150 (MQ=255) ccgccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACCACCGTGGTGATg < 2:1372147/150‑1 (MQ=255) gccACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCt < 1:3048810/150‑1 (MQ=255) ccaccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACCACCGTGGTGATGGTg < 1:2476233/150‑1 (MQ=255) caccaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTgg < 2:1691671/150‑1 (MQ=255) accaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGc < 1:1572576/150‑1 (MQ=255) accaTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGc > 2:4956614/1‑150 (MQ=255) caTGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCAGCATCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGa < 2:3800880/150‑1 (MQ=255) 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tggtgTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCt > 2:1588305/1‑150 (MQ=255) ggtgTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTg < 1:4569314/150‑1 (MQ=255) gtgtGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTgg < 2:5364993/150‑1 (MQ=255) agcagTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAgcgc < 2:968614/150‑1 (MQ=255) cagTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCaa > 2:3166361/1‑150 (MQ=255) 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gCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTcac > 1:1909118/1‑150 (MQ=255) tGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACAt > 2:247707/1‑150 (MQ=255) gATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATc > 2:268739/1‑150 (MQ=255) aTCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCg > 2:5218779/1‑150 (MQ=255) tcgccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGc > 1:1060146/4‑150 (MQ=38) tCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGc > 1:4044951/1‑150 (MQ=255) caccacCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCt > 2:3071642/1‑150 (MQ=255) gccagcaTCACCACCACCGTGGTGATGGTGGTGATCACCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTg > 2:444769/2‑150 (MQ=38) accaccATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTg > 1:5297926/1‑150 (MQ=255) accaccATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTg > 1:577157/1‑150 (MQ=255) ccaTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCa > 1:5390256/1‑150 (MQ=255) aTCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCAcc > 2:3717397/1‑150 (MQ=255) tCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCa > 1:2338271/1‑150 (MQ=255) cacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGa > 2:599892/1‑150 (MQ=255) cacGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGa > 1:2002099/1‑150 (MQ=255) ggtggtggtGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACaa < 2:4761294/150‑1 (MQ=255) | CGACACCTCTGCCGCCACCATGAGTGGTGTGCAGCAGTGGCTCGGATCCGCTTTCACTCAACTCGCTTCGGCCCGGTAAGAGCGCTATGGAATTCACCACTCAACACTTCATCGCATTGGCGCCGATGCTGATCACCACCATCACCACGGTGGTGGTGATGCTGGCGATCGCCTGGAAGCGCAACCACTCGCAGACCTTCCTGCTGTCCACCGTGGGCCTGAACCTGGCCCTGCTGTCGCTCCTGCCGGCGCTGAAGGTCGCGCCGCTGGCGGTCACATCGCTGATCACCATCGACAA > NC_002947/4674578‑4674875 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |