Predicted mutation | |||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 4,705,767 | T→G | 5.6% | intergenic (‑85/+65) | kdpD ← / ← kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 4,705,767 | 0 | T | G | 5.6% | 865.1 / 28.6 | 252 | intergenic (‑85/+65) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (119/119); new base G (2/12); total (121/131) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.15e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.38e-01 |
Only 100 of 255 total aligned reads displayed.
AGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGT > NC_002947/4705618‑4705915 | aGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGt > 1:2224595/1‑150 (MQ=255) aGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACGCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGGTTACCCGCGAATACGt > 1:2772841/1‑150 (MQ=255) ccggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCGCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCa < 1:2907230/150‑1 (MQ=255) ggccggggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGt < 1:787425/144‑1 (MQ=255) cccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGc < 2:661659/150‑1 (MQ=255) ccggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGCGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGACTACGTCAGTGGca > 2:2151260/1‑150 (MQ=255) cggccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcac < 1:564405/150‑1 (MQ=255) ccggTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGcaccac < 1:2661311/150‑1 (MQ=255) cGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGc < 1:2083070/150‑1 (MQ=255) gggAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCAtt > 1:3368746/1‑150 (MQ=255) gggAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCACGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCAtt > 1:821715/1‑150 (MQ=255) aGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTcgc < 2:1840331/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACCGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCCTGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTCACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCCCCACCGCATTCGCgg < 2:4885278/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATGCGGTGGTGGTGCCACTGACGTATTCGCgg < 2:2275296/150‑1 (MQ=25) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 2:5354501/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCgg < 1:4950134/150‑1 (MQ=255) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGGTGGTGGTGCCACTGACGTATTCGCgg < 1:3068481/150‑1 (MQ=25) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGGTGGTGGTGCCACTGACGTATTCGCgg < 2:859393/150‑1 (MQ=25) gTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATGCGGTGGTGGTGCCACTGACGTATTCGCgg < 1:1055903/150‑1 (MQ=25) ttGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCggg < 1:5526806/150‑1 (MQ=255) tGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGt > 1:4593587/1‑150 (MQ=255) ggCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTg < 2:3518259/150‑1 (MQ=255) gCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGa > 2:4596275/1‑150 (MQ=255) 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cTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCt > 2:4512878/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCggg > 2:4537375/1‑116 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 1:4483878/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 1:4422428/1‑150 (MQ=255) tCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCtt > 2:4629761/1‑150 (MQ=255) 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tCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAc < 2:3852834/150‑1 (MQ=255) tCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAc < 2:3896091/150‑1 (MQ=255) cATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc < 1:2672274/150‑1 (MQ=255) cATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc < 2:5004966/150‑1 (MQ=255) cATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTAcc < 1:4815406/150‑1 (MQ=255) aTCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCt > 2:1150924/1‑150 (MQ=255) aTCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCt > 2:3979406/1‑150 (MQ=255) tttGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGc < 2:2948819/150‑1 (MQ=255) tttGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGc > 2:1668566/1‑150 (MQ=255) ttGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCg < 1:3169379/150‑1 (MQ=255) 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ccgccgCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAg < 1:3960370/150‑1 (MQ=255) cTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTgg < 1:3831818/150‑1 (MQ=255) ttCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGt < 1:2750292/150‑1 (MQ=255) gtCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCCCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGt < 2:4310546/149‑1 (MQ=255) tCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGtt < 2:5164310/150‑1 (MQ=255) 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gTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGCTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGt > 2:5162636/1‑150 (MQ=255) | AGCCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGT > NC_002947/4705618‑4705915 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |