| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,705,769 | A→G | 5.6% | intergenic (‑87/+63) | kdpD ← / ← kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,705,769 | 0 | A | G | 5.6% | 804.9 / 22.7 | 247 | intergenic (‑87/+63) | kdpD/kdpC | sensor protein/potassium‑transporting ATPase subunit C |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (116/117); new base G (2/12); total (118/129) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.17e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.70e-01 | |||||||||||
Only 100 of 256 total aligned reads displayed.
CCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGC > NC_002947/4705620‑4705918 | ccggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCGCTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCa < 1:2907230/150‑1 (MQ=255)ccggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCa < 2:3875455/150‑1 (MQ=255)ccggccccggccGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCACCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCa > 1:5598468/1‑150 (MQ=255) 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cccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAAt < 1:4629957/150‑1 (MQ=255) cccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTACAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAAt > 2:2343245/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATg > 2:3348699/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATg > 1:3516800/1‑150 (MQ=255) ccGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATg > 1:5232814/1‑150 (MQ=255) gcgAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATggg > 2:2659593/1‑150 (MQ=255) cgAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGt < 2:4471293/150‑1 (MQ=255) tACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAg < 1:1812728/150‑1 (MQ=255) aCGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAgg > 2:1807490/1‑150 (MQ=255) aCGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAgg < 2:606057/150‑1 (MQ=255) 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CCGGCCCCGGCCGGTGCGTGGGAGGTTGGCCAACAGCGCATCGGCGCGGGCGGAGTCACTCATGTTTCATCCTTTACTTTGTCCAACAGTCCGCCGCTTCAGGGAAAGCCCCCTTAACGTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAATACGTCAGTGGCACCACCACCGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTACAGGCTTCCTGCCAGCGCTTCGATTACCTGACAATGGCGAGCTTTTCCAAGGCCTGGTTCAACGCCAGCACGTTGACCACCGGCGGGCCGATCAATGGGTGGAGGGTGGC > NC_002947/4705620‑4705918 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |