| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 4,991,045 | C→G | 5.3% | P97R (CCG→CGG) | flgA → | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 4,991,045 | 0 | C | G | 5.3% | 1033.8 / 34.0 | 303 | P97R (CCG→CGG) | flgA | flagella basal body P‑ring formation protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (181/106); new base G (11/5); total (192/111) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.92e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 304 total aligned reads displayed.
TTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGCC > NC_002947/4990900‑4991193 | tttCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTg < 1:3203143/150‑1 (MQ=255) ttGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGcc > 2:207292/1‑150 (MQ=255) ttGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGcc > 2:515528/1‑150 (MQ=255) 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ccGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGcc > 1:1821328/1‑150 (MQ=255) | TTTCTTGAATTCACCGTTGAAGATTATCTGTCCACCACCCAGACTGCCGGCCGCTATGAAATCCAGGTCAACCCGCTGGACCCACGCCTGCGCATGCCGTTGTGCAGCCAGCAGCTGGACGCCTCACTGGAAAGCCCGGCCCAGCCGCTGGGCCGTGTGACGGTACGGATACGCTGCAACGGCGCAGCACCGTGGACGGTATTCGTGCCGGCCACCGTGCGACTTTTCCGCGACGTGGTGGTGGTGACCCGCCCGCTCAAGCGCGACAACACGGTCGGCGAAGGTGACGTGGCC > NC_002947/4990900‑4991193 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |