| Predicted mutation | |||||||
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| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,020,910 | 0 | A | T | 5.5% | 631.8 / 18.1 | 192 | intergenic (‑176/+58) | PP_5679/PP_4421 | hypothetical protein/aminotransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (93/86); new base T (6/5); total (100/92) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.52e-01 | |||||||||||
Only 100 of 198 total aligned reads displayed.
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aaaaaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGatgatg < 2:1838926/136‑1 (MQ=255) aaaaaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTg > 2:3148167/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTg > 2:5177240/1‑150 (MQ=255) aaaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTc < 2:3602851/150‑1 (MQ=255) aaaaaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCg < 2:140739/150‑1 (MQ=255) aaaaGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTc < 2:5357357/150‑1 (MQ=255) aGCCCGCCTTTAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTg > 1:2029726/1‑150 (MQ=255) gCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGa < 2:714036/150‑1 (MQ=255) cccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGAc > 1:3993781/1‑150 (MQ=255) cccGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGAc < 1:2161776/150‑1 (MQ=255) cGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACaa > 1:566712/1‑150 (MQ=255) gCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAag > 2:3354624/1‑150 (MQ=255) cTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAagag > 1:2682915/1‑150 (MQ=255) tAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgagg > 1:2522184/1‑150 (MQ=255) aaGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAgaggag < 1:109711/150‑1 (MQ=255) | TGAGATGAATAAGCCCGCACCGGTCTCCGGCGCGGGCTTTTACTTTCCGGGCCTTGGACAGTATCTGACCCGAAAGTACGTCCTTGTGAACTGATGACAGCGTCTTGGCTTTGATTGTGATAGCACT‑AC‑‑AAAAAAAAAAAGCCCGCCTAAAGGCGGGCTTAAAACGAAGAGGGTAATTCAGCTGGCATCATTGCCAACGTTGATGGCTCAGACCTTCAGCTCATCAAGGACGCTCAGCACAGCTTCGTGTGCGATGCTGATGATGCGATCCACTTCCTGTTCGGTCGTGACAAGAGGAG > NC_002947/5020761‑5021059 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |