Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,101,286 | A→C | 7.3% | P159P (CCT→CCG) | argT ← | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,101,286 | 0 | A | C | 7.3% | 646.1 / 14.8 | 239 | P159P (CCT→CCG) | argT | lysine/arginine/ornithine ABC transporter substrate‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (109/104); new base C (6/16); total (115/124) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.29e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 250 total aligned reads displayed.
TTGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGT > NC_002947/5101137‑5101435 | ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa < 1:3698340/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa < 1:3495272/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa < 1:5532450/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa < 2:1018194/150‑1 (MQ=255) ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa > 2:1257422/1‑150 (MQ=255) ttGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTaa > 2:1966239/1‑150 (MQ=255) gCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGc < 1:1589316/150‑1 (MQ=255) cGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGcacca < 2:5024720/150‑1 (MQ=255) ggTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCTTACGGcaccca < 2:3879685/150‑3 (MQ=255) gTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACg > 1:3980925/1‑150 (MQ=255) gTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACg < 2:3985167/150‑1 (MQ=255) tGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACgg > 2:2225914/1‑150 (MQ=255) tGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACgg > 2:4511175/1‑150 (MQ=255) 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gAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAg < 1:1812643/150‑1 (MQ=255) cggcggcCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAgg < 2:3361587/149‑1 (MQ=255) aaCGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACggt > 2:2479878/1‑150 (MQ=255) cAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGcc < 2:1074697/150‑1 (MQ=255) agttAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCg < 2:2442597/147‑1 (MQ=255) gTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTc > 1:4664982/1‑150 (MQ=255) aGATTTCGTTCTGGGTCCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCt < 1:2492536/150‑1 (MQ=255) aTTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTc < 1:3146820/150‑1 (MQ=255) tttCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCa < 2:1091851/150‑1 (MQ=255) gTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAc > 1:4231148/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc > 2:133210/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc > 1:5357044/1‑150 (MQ=255) ttCTGGGGGCCGTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGAcc < 2:2347337/150‑1 (MQ=255) tCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCa < 1:3672306/150‑1 (MQ=255) cgtggTGCCTTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAg > 2:1808852/4‑150 (MQ=255) gtggTGCCTTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAgg > 1:5058342/3‑150 (MQ=255) gtggTGCCTTACGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAgg > 2:4836044/3‑150 (MQ=255) tGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGgcgcg > 2:2910136/1‑150 (MQ=255) ccGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGcc < 2:2819872/150‑1 (MQ=255) aaGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAg > 1:1210561/1‑150 (MQ=255) | TTGGCGTCGGTGAAGGCCGGGCCTACGAACGCGAAGCCCTTGCCGGCGTCAGTCTTGAGGAAGCCATCTTCCAGCAGGGTGGCGTCAGCCACAGTGCCGTCGAGGCGGCCAGCTGCAACGTCCAGGTAGATTTCGTTCTGGGTGCCGTAAGGCACCACGGTGGCACCCTTGGCGCCCAGCACTTCCTTGGCGAAGCGGTCGTGAATGGAGCCGCGCTGCACGCCGATCTTCTTGCCTTTCAGTTCGTCCAGGCTGTCGCTGACGGTGGTGCCGTCCTTCATGACCAGGCGCGCCGGAGT > NC_002947/5101137‑5101435 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |