Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | NC_002947 | 5,130,096 | C→A | 5.8% | intergenic (+73/‑109) | PP_4511 → / → PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,130,096 | 0 | C | A | 5.8% | 688.0 / 6.9 | 212 | intergenic (+73/‑109) | PP_4511/PP_4512 | AraC family transcriptional regulator/DMT superfamily permease |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (97/97); new base A (14/3); total (112/100) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.12e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 218 total aligned reads displayed.
GTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGGCGC > NC_002947/5129947‑5130245 | gggctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGCGGGTAAAc < 2:5280630‑M1/13‑1 (MQ=255) gTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAC < 2:358492‑M1/150‑1 (MQ=255) tGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACC < 1:862702‑M1/150‑1 (MQ=255) ctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGCGGGTAAACCCg > 1:5544752‑M1/135‑150 (MQ=255) ctggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGCGGGTAAACCCg > 1:5285567‑M1/135‑150 (MQ=255) cTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGC < 1:121933‑M1/150‑1 (MQ=255) ggcgctggtggccagtttgccgaagacgccggtaaggccgaagaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCt > 1:3840948‑M1/133‑150 (MQ=255) tttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTC < 1:281380‑M1/150‑1 (MQ=255) ttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCgaa < 1:4027884‑M1/150‑4 (MQ=255) ttCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCC < 2:2383779‑M1/150‑1 (MQ=255) tCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCgaan < 1:3764194‑M1/150‑5 (MQ=255) tCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCgaag < 1:640647‑M1/150‑5 (MQ=255) tCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTTACCCGCgaag < 2:4049453‑M1/150‑5 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA < 2:4547930‑M1/150‑1 (MQ=255) gcggcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACA > 2:640339‑M1/1‑150 (MQ=255) gcgATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGa < 1:1045915/150‑1 (MQ=255) aTGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGc < 2:1895611/150‑1 (MQ=255) gTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGaa < 2:5118564/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 2:945761/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 2:3126360/150‑1 (MQ=255) ttCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAt < 2:4183501/150‑1 (MQ=255) tCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtg < 2:1500093/150‑1 (MQ=255) ggTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttg < 2:885990/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 1:1943407/150‑1 (MQ=255) gtgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAAtgttgt < 1:4925546/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTtgt‑g < 1:629378/150‑1 (MQ=255) tgtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCGGAATGTtgt‑g > 2:4502541/1‑150 (MQ=255) gtACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑Gc < 1:4228503/150‑1 (MQ=255) acCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCaaaa < 2:560184/150‑1 (MQ=255) acCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCCCGCCCACACCGTGCCCCCCCCAGAAAGTTGT‑GGaaaa > 1:3906836/1‑150 (MQ=255) ccTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAc > 1:3538270‑M2/1‑149 (MQ=255) cTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcc > 1:1365941‑M2/1‑148 (MQ=255) tttGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcct > 1:661546‑M2/1‑147 (MQ=255) 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ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcctgta > 1:793056‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcctgta > 1:2320348‑M2/1‑144 (MQ=255) ggCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGAGAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcctgta > 2:4349823‑M2/1‑144 (MQ=255) agaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccccTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTa > 2:2481129‑M1/92‑150 (MQ=255) gaacagcgcgccaatgtgcagtgcgccgagggcggtgcggtggttcatggtgggtccttgatggagatctctacaggcagtgccggccctTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAg > 2:560769‑M1/91‑150 (MQ=255) gcggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAAACCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCGGAATGTTGT‑GCAAAAcctgtaggagcg < 2:4719748‑M2/150‑13 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTTAAACCGCTCCTACAGGTTTCCCCCGGCGGGATGTTGT‑GCAAAAagtgtaggttcgg < 2:125171‑M2/150‑14 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagcgg < 2:141237‑M1/150‑41 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcctgtaggagcgg > 1:4719295‑M2/1‑137 (MQ=255) cggcgAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAAcctgtaggagcgg > 1:4075520‑M2/1‑137 (MQ=255) 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gggTAAACCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagcgggtttacccgcgaaggggccggcaaaggcaaagtgtaaagcctcaggcaaacacattctgtcgcaagactgctgtcagttatcgccagac > 2:4433007‑M1/1‑21 (MQ=255) GGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACAt < 1:2601210‑M1/150‑1 (MQ=255) AAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTgg < 2:2099522‑M1/150‑1 (MQ=255) AAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTgg < 1:4864872‑M1/150‑1 (MQ=255) aaCCCGCTCCTACAGGttttgcacaacattcaggcgggggcatcctgtaggagcgggtttacccgcgaaggggccggcaaaggcaaagtgtaaagcctcaggcaaacacattctgtcgcaagactgctgtcagttatcgccagactctcg > 1:450530‑M1/1‑16 (MQ=255) AACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGgc < 2:3514612‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGgcg < 2:1650303‑M1/150‑1 (MQ=255) ACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGgcg < 1:3709844‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGgcgc < 2:4796004‑M1/150‑1 (MQ=255) CCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGgcgc < 1:5196089‑M1/150‑1 (MQ=255) | GTGCCTTTTCAGCGGCGATGCTGCGGGCGTTCGGGTGTACACCTTTGGCTTTGCGGCGAGAGTCTGGCGATAACTGACAGCAGTCTTGCGACAGAATGTGTTTGCCTGAGGCTTTACACTTTGCCTTTGCCGGCCCCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGATGCCCCCGCCTGAATGTTGT‑GCAAAACCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCGGCACTGCCTGTAGAGATCTCCATCAAGGACCCACCATGAACCACCGCACCGCCCTCGGCGCACTGCACATTGGCGC > NC_002947/5129947‑5130245 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |