Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,139,983 | T→A | 5.9% | intergenic (‑47/+18) | PP_4520 ← / ← PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,139,983 | 0 | T | A | 5.9% | 588.1 / 17.4 | 179 | intergenic (‑47/+18) | PP_4520/PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (75/91); new base A (3/8); total (80/99) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.51e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 183 total aligned reads displayed.
CTGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTG > NC_002947/5139835‑5140132 | ctgcAGCAGGATCACATGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCtt > 2:5465105/1‑150 (MQ=255) ctgcAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCtt > 2:4268062/1‑150 (MQ=255) tgcAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCttt > 2:2190847/1‑150 (MQ=255) gcagcaGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTg > 2:1226314/1‑150 (MQ=255) cagcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGc < 1:5570616/150‑1 (MQ=255) agcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCg < 2:3793369/150‑1 (MQ=255) aTCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGcccc < 1:252079/150‑1 (MQ=255) tCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGAATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcg < 1:186906/150‑1 (MQ=255) cacaCGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCcgc < 1:2614528/150‑1 (MQ=255) acccGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggt < 2:1881634/147‑3 (MQ=255) acacGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggt < 2:3720263/150‑3 (MQ=255) cGGGTGCGGCGGGCGCGGGCGGGGTCCCGGGGGCATCGGCAATGGGCGAGGGGGCGCGGGCCGCGCGCGCCGCGGGGTCGGGGCCTGGGGGTCTCGTGGGCGGGGACAGTTGGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGAtt < 2:5398110/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCATTGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggttatgt < 1:98084/150‑8 (MQ=255) 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gggACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTc < 2:3850706/150‑1 (MQ=255) ttGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt < 2:4568992/150‑1 (MQ=255) gCCACATAACCGGGGCCCGCGTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTgg > 1:462630/1‑150 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg > 2:302064/1‑150 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg < 1:5150494/150‑1 (MQ=255) acaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCa > 1:1617446/1‑150 (MQ=255) caTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCaa > 1:1456906/1‑150 (MQ=255) tAACCGGGGCCCGATTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAtt < 1:3694597/150‑1 (MQ=255) acccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtc < 1:1226314/148‑1 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCcgc > 2:4211512/2‑101 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 2:487691/2‑150 (MQ=255) ccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 1:3180335/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCGTGCCTGGCTAGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 2:4625876/1‑150 (MQ=255) cGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCa < 2:1097275/150‑1 (MQ=255) gCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGag > 2:3736594/1‑149 (MQ=255) gCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGAt < 1:4896616/150‑1 (MQ=255) 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CTGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTG > NC_002947/5139835‑5140132 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |