| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,139,984 | T→A | 6.0% | intergenic (‑48/+17) | PP_4520 ← / ← PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,139,984 | 0 | T | A | 6.0% | 594.6 / 15.1 | 179 | intergenic (‑48/+17) | PP_4520/PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/91); new base A (3/8); total (80/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
CTGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGG > NC_002947/5139835‑5140133 | ctgcAGCAGGATCACATGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCtt > 2:5465105/1‑150 (MQ=255) tgcAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCttt > 2:2190847/1‑150 (MQ=255) cagcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGc < 1:5570616/150‑1 (MQ=255) 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acaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCa > 1:1617446/1‑150 (MQ=255) acaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCa > 1:3165638/1‑150 (MQ=255) aTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAt < 2:1279542/150‑1 (MQ=255) tAACCGGGGCCCGATTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAtt < 1:3694597/150‑1 (MQ=255) acccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtc < 1:1226314/148‑1 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCcgc > 2:4211512/2‑101 (MQ=255) ccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCGTGCCTGGCTAGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 2:4625876/1‑150 (MQ=255) ccGGGGCCCGCGTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 2:4289315/1‑150 (MQ=255) cGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACGCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCa > 1:767191/1‑150 (MQ=255) gCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGAt < 1:4896616/150‑1 (MQ=255) ccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATct > 2:1933396/1‑150 (MQ=255) cGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctg > 2:3233832/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgc > 2:739596/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTgg < 2:5239170/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTgg < 1:2190847/150‑1 (MQ=255) ttGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTgg < 2:1742708/150‑1 (MQ=255) | CTGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGG > NC_002947/5139835‑5140133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |