| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,139,985 | T→A | 6.0% | intergenic (‑49/+16) | PP_4520 ← / ← PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,139,985 | 0 | T | A | 6.0% | 588.9 / 15.7 | 179 | intergenic (‑49/+16) | PP_4520/PP_4521 | hypothetical protein/aerotaxis receptor |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (77/91); new base A (3/8); total (80/99) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.50e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 184 total aligned reads displayed.
TGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGG > NC_002947/5139836‑5140133 | gcagcaGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTg > 2:1226314/1‑150 (MQ=255) agcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCg < 1:868165/150‑1 (MQ=255) agcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCg < 2:3793574/150‑1 (MQ=255) agcagGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCg < 1:2570796/150‑1 (MQ=255) tCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGAATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcg < 1:186906/150‑1 (MQ=255) cacaCGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCcgc < 1:2614546/150‑1 (MQ=255) cacaCGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCcgc < 1:2614528/150‑1 (MQ=255) acccGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggt < 2:1881634/147‑3 (MQ=255) acacGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggt < 2:3720263/150‑3 (MQ=255) cGGGTGCGGCGGGCGCGGGCGGGGTCCCGGGGGCATCGGCAATGGGCGAGGGGGCGCGGGCCGCGCGCGCCGCGGGGTCGGGGCCTGGGGGTCTCGTGGGCGGGGACAGTTGGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGAtt < 2:5398110/150‑1 (MQ=255) ggTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCATTGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCcggttatgt < 1:98084/150‑8 (MQ=255) cTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATTGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGtt < 1:3651515/150‑1 (MQ=255) cTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGAATAGCAAATGGTCGAGCGGGCGCTGGAAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGAATGGCGGTATCATTGGCGGGGAAATTTTCCCAAATAACCGGGGCCCGATTTGCGGCCCCCGCGATTTCAGCGGtt < 1:3578003/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCTGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCTTGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTg < 2:1641640/150‑1 (MQ=255) tGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTg > 1:4743466/1‑150 (MQ=255) gTCGAGCGGGGGGATCTGTGGGAATAGGCAATGGTGGTGCGGGCGCTGGCTGCGCTCGCTGCGGGGTGTGGGCATGGGGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACGGGGGCCGGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGa < 1:2235149/150‑1 (MQ=255) tCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGaa > 1:242032/1‑150 (MQ=255) ggcgcggGGGGATCTGTGGGAATTGGCAATGGGCGTGGGGGCGGGGGCTGCGCTCGCTGCGGGGTCGGGGCTTGGGGGTCTCCTGGGGGGGGAATTTTTGCCAAATACCGGGGGCCCGCTTTGGGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAc < 1:4882440/147‑1 (MQ=255) caaGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAc < 2:4975890/148‑1 (MQ=255) cGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAAGGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAAc < 1:1295755/150‑1 (MQ=255) gagagaggggATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGATGAAcc > 2:4688332/7‑150 (MQ=255) gcgcGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCtt > 2:4359615/1‑150 (MQ=255) cgggggtATCTGTGGGCATGGGCATGGGTCGCGCGGGCGCGGGCCGCGCTCGCAGGGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCGTTGGCGGGGACATTTTGCCACATACCCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCttt < 1:1603801/147‑1 (MQ=255) 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ttGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGATGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCGGGCAAGCCAGGCaag < 2:3683127/150‑3 (MQ=255) tGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCGGGCAAGCCAGGCaagg < 1:4605027/150‑4 (MQ=255) ggggACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGt > 2:3107295/1‑150 (MQ=255) ggggACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGt > 2:3913100/1‑150 (MQ=255) cAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGcac < 2:2446156/150‑1 (MQ=255) ttGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt < 2:2302200/150‑1 (MQ=255) ttGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCt < 2:4568992/150‑1 (MQ=255) gCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTgg < 2:545485/150‑1 (MQ=255) gCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTgg < 1:3583156/150‑1 (MQ=255) ccACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTggg > 2:302064/1‑150 (MQ=255) cacaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGc > 2:1413696/1‑150 (MQ=255) acaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCa > 1:1617446/1‑150 (MQ=255) acaTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCa > 1:3165638/1‑150 (MQ=255) aTAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAAt < 2:1279542/150‑1 (MQ=255) acccGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtc < 1:1226314/148‑1 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCcgc > 2:4211512/2‑101 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCcgc < 1:4211512/100‑1 (MQ=255) gcGGGGCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATtctc > 2:487691/2‑150 (MQ=255) cGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCa < 2:1097275/150‑1 (MQ=255) ggggCCCGCAAAGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTg > 2:3387747/1‑114 (MQ=255) gCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGAt < 1:4896616/150‑1 (MQ=255) cccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATc > 2:117432/1‑150 (MQ=255) ccGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATct > 2:1933396/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgc > 2:739596/1‑150 (MQ=255) gCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATctgc > 2:3562149/1‑150 (MQ=255) ttGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTgg < 2:1742708/150‑1 (MQ=255) | TGCAGCAGGATCACACGGGTGCGGCTGTCGAGCGCGGGGATCAGTGGGCATAGGCAATGGTCGAGCGGGCGCTGGCAGCGCTCGCAGCGGGGTCTGGGCATGGCGGTCTCCTTGGCGGGGACAGTTTGCCACATAACCGGGGCCCGCTTTGCGGGCCCCGCGATTTCAGCGGTTGAACCTTTCCGCCAGGCTATGCAGGTACTCCGCCATGCGCTCGAGGTCCTGGCTGATTTCCGCGCCTTGCCTGGCTTGCCCGGCACTCTGGTCGCACAGCTGGGCAATTCTCACGATCTGCTGG > NC_002947/5139836‑5140133 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |