| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,349,468 | C→T | 19.6% | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,349,468 | 0 | C | T | 19.6% | 248.5 / 52.2 | 120 | intergenic (+46/‑132) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (39/56); new base T (15/8); total (55/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.05e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCA > NC_002947/5349320‑5349615 | caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCGACCACGCa > 2:2147833/1‑150 (MQ=255)caaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAAACCG‑‑CCTACCAGGCa > 2:830556/1‑150 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCaa < 2:2962804/150‑1 (MQ=255) aaggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCaa < 1:3391875/150‑1 (MQ=255) aggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTTAAACCG‑‑CCTAACAGGCAAc > 1:823056/1‑150 (MQ=255) aggGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAc < 1:1485903/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 2:1644392/150‑1 (MQ=255) ggCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAAcgc < 2:1610444/150‑1 (MQ=255) 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ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAc < 1:3008362/150‑1 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCt < 2:154726/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTc < 2:3743113/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTc > 2:463414/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCGTCGCGGGGGAACCCC‑‑CCGACCACGCAAcccgggaacac > 1:790932/1‑143 (MQ=21) 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tctTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTAACCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCACCCAGCTACACTGTCTTATAGAATATCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGAAGGa > 1:4969588/1‑150 (MQ=39) ctgcgcgGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCACCGCGTTACCTGGTCGGCGC‑GGTTTTACCCGCGATGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGac < 2:3385316/147‑1 (MQ=255) tCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGacca > 1:3308131/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:1965257/1‑150 (MQ=255) gcgGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:1965136/1‑150 (MQ=255) tAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCa > 2:161872/1‑150 (MQ=255) aaCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATg > 2:3160097/1‑150 (MQ=255) acccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 1:1039199/8‑150 (MQ=25) acccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCGTACAAGAGAAGGACCACCCGCCATGt > 2:5237921/8‑150 (MQ=25) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCa < 1:1637730/134‑1 (MQ=255) aCCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGt > 2:1320866/1‑150 (MQ=255) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GTGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCTGTCCATCGCCCCTTCCAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 2:3688599/6‑150 (MQ=25) ccgctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:221189/6‑150 (MQ=25) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5028188/1‑150 (MQ=255) ccG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5027865/1‑150 (MQ=255) gctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:2039572/4‑150 (MQ=38) gctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5598136/4‑150 (MQ=38) tccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGata > 2:1701132/2‑150 (MQ=37) tACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCCTGTTCGATAGcc > 1:3245195/1‑150 (MQ=37) tACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:819133/1‑150 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGATGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTTCGatat > 2:261692/1‑150 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:3628274/1‑133 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc < 2:3628274/133‑1 (MQ=255) gaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:4487835/2‑150 (MQ=38) gaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:5625931/2‑150 (MQ=38) aGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGc > 2:641772/1‑150 (MQ=255) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:3218650/1‑150 (MQ=255) | CAAGGGCGTTTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCA > NC_002947/5349320‑5349615 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |