Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,349,477 | A→G | 20.4% | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II → / → acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 5,349,477 | 0 | A | G | 20.4% | 251.3 / 55.8 | 120 | intergenic (+55/‑123) | pgi‑II/acsA‑II | glucose 6‑phosphate isomerase/acetyl‑CoA synthetase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/53); new base G (15/9); total (57/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-01 |
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
TTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5349329‑5349624 | ttACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTAc < 1:3008362/150‑1 (MQ=255) aCCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCt < 2:154726/150‑1 (MQ=255) ccAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTc < 1:887377/150‑1 (MQ=255) 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gctccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTc > 1:5598136/4‑150 (MQ=38) tccTACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGata > 2:1701132/2‑150 (MQ=37) tACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCCTGTTCGATAGcc > 1:3245195/1‑150 (MQ=37) tACGAGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATcc > 1:819133/1‑150 (MQ=37) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGatat > 1:4067086/1‑150 (MQ=255) tACCAGGCAACGCGTTACCTCGGAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGATGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCAGGTTCGatat > 2:261692/1‑150 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc > 1:3628274/1‑133 (MQ=255) ccAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGaccacc < 2:3628274/133‑1 (MQ=255) gaGGTAACGCGTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:5625931/2‑150 (MQ=38) ggCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCa > 2:3218650/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAAt > 2:416736/1‑150 (MQ=255) aCGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 1:1288790/1‑113 (MQ=255) aCGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa > 1:1288751/1‑113 (MQ=255) aCGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:1288751/113‑1 (MQ=255) aCGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACaa < 2:1288790/113‑1 (MQ=255) gcgTTGCCTGGTAG‑‑GC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCACAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc < 2:789385/150‑1 (MQ=38) gcgTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 2:4421952/1‑150 (MQ=255) gcgTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcc > 2:3671703/1‑150 (MQ=255) gtttACCTCGTCGTTGG‑GGGTTTACCGGCTATGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAccc < 2:648868/148‑1 (MQ=255) gTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTCCAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc > 2:4075781/1‑150 (MQ=255) gTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAcccc > 2:3875549/1‑150 (MQ=255) ttACCTCGTAGCAGC‑GGGTTTACCCGCTAAGAGCCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATAccccc < 2:823056/150‑1 (MQ=255) | TTACCAGCGCTTGGTCGGTAGCCTGGAAGACAGCGCCGAAGACGGTTCCACCCAAGGCCTGATCAACTACTTCCGCGGCCGTCACCGCGGTTGATCCGAGCTTGTGCCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCG‑‑CCTACCAGGCAACGCGTTACCTCGTAGGAGC‑GGGTTTACCCGCGAAGAGGCCGGCCCAGGTTGAACACCGCTCCCAGCTACACTGTCTTATCGAATAGCCGTTGCAGTCCATCGCCCCTTACAAGAGCAGGACCACCCGCCATGTTCGATATCCGCAAATACCCCC > NC_002947/5349329‑5349624 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |