| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 5,456,613 | C→G | 7.1% | L49L (CTC→CTG) | lnt → | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,456,613 | 0 | C | G | 7.1% | 925.7 / 44.4 | 277 | L49L (CTC→CTG) | lnt | apolipoprotein N‑acyltransferase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (135/122); new base G (11/9); total (146/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 277 total aligned reads displayed.
ACATGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGCCTCGCCGCTGCTGGCAATCGTGTTGCTGCTGGCGTTCTTCGCCGCAC > NC_002947/5456465‑5456761 | aCATGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCa < 1:4625616/150‑1 (MQ=255)aCATGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCa > 1:4905156/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGc > 1:1241250/1‑150 (MQ=255) aTGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGc > 1:7508/1‑150 (MQ=255) tGCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGcc > 2:4233024/1‑150 (MQ=255) gCGTTGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGccc > 1:1620305/1‑150 (MQ=255) cggtGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACCTCTGGCCGTTGGCGGGGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCcg > 2:5534216/4‑150 (MQ=255) ttGGATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑TGGCGCGGGCTGAGCTcgc > 1:1807595/1‑150 (MQ=255) gATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑TGGCGCGGGCTGAGCTCgcgca < 2:1807595/150‑2 (MQ=255) gATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCa > 1:2522228/1‑150 (MQ=255) gATCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCa > 1:5345467/1‑150 (MQ=255) aTCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑TGGCGCGGGCTGAGCTCgcgcag < 2:921965/150‑3 (MQ=255) aTCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGGGCTGAGCTCgcgcagg < 1:1339894/150‑4 (MQ=255) aTCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCAACGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCCGGCTGAGCTAgcgcagg > 1:1143398/1‑147 (MQ=255) tCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAgg > 1:617240/1‑150 (MQ=255) tCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAgg < 1:2167623/150‑1 (MQ=255) tCACCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCGGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAgg < 2:3826499/150‑1 (MQ=255) aCCCGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGcc < 1:475362/150‑1 (MQ=255) ccGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACCGCTGGCCGTTGGCGGGGGTGTCCCTCGCGGTGCTCTACCTTGCCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCag > 2:516205/1‑149 (MQ=255) ccGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑TGGCGCGGGCTGAGCTCgcgcag < 1:1030678/145‑3 (MQ=255) ccGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCAt > 2:4056314/1‑150 (MQ=255) cGCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCAtg < 1:909055/150‑1 (MQ=255) gCCCCGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCAtgt > 2:1278666/1‑150 (MQ=255) cGGCTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCATGGCCTT‑GCGCGGGCTGAGCTCGCG‑CAGGCCaaggtaga < 2:3926816/150‑8 (MQ=38) cTGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGACGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATgtggcgtgg < 2:1952142/150‑1 (MQ=255) tGGCCCGGTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCACGCCACatggcctggc < 1:4411208/150‑1 (MQ=255) ggTAACCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGGGGCtggtgg > 2:3360973/1‑150 (MQ=255) aaCCTGCTGGCCCTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTggttt < 2:1020003/150‑1 (MQ=255) 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cccTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGcc < 1:5418915/150‑1 (MQ=255) cccTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGcc > 1:5232489/1‑150 (MQ=255) ccTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCt > 1:1012765/1‑150 (MQ=255) cTGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTg > 1:3940483/1‑150 (MQ=255) tGGCGGCCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGt < 1:3352041/150‑1 (MQ=255) ggcggcCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTa > 1:3155698/1‑150 (MQ=255) gcggcCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCAGGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTAt > 2:5228164/1‑150 (MQ=255) cggcCGGTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATg < 1:5485957/150‑1 (MQ=255) ggTGCTTCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGcc < 2:295220/150‑1 (MQ=255) ttCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCAc > 2:4499331/1‑150 (MQ=255) tCCACCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCAcc > 1:4582712/1‑150 (MQ=255) aCCCTCCTGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCtgg > 1:396067/1‑150 (MQ=255) cctcctGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCtggtg < 1:1993499/150‑1 (MQ=255) ctcctGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCtggtgg < 2:271160/150‑1 (MQ=255) ctcctGGCCCTGGCGCCGTTCGACATCTGGCCGTTGGCGGTGTTGTCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCtggtgg < 2:271364/150‑1 (MQ=255) 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gtCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGAGGcgccgccgta < 2:1375603/150‑5 (MQ=255) tCCATCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGCCTCGCCGctgctg > 1:17788/1‑150 (MQ=255) tCCATCGCGGTGCTCGACCGTGGCC‑G‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTGTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGAGGcgccgccgtag < 2:3532540/150‑6 (MQ=255) aTCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGGTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGCCTCGCCGCTGCTGGCa > 2:2532500/1‑150 (MQ=255) aTCGCGGTGCTCTACCTTGGCC‑T‑GCGCGAGCTCAGCCCGCGCCAGGCCATGTGGCGTGGCTGGTGGTTTGGGTTTGGCCTGTATGGCGCCGGCACCTGGTGGATCTACGTCAGCATGAACACCTACGGCGGCGCCTCGCCGCTGCTGGCa > 1:3580862/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |