| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,542,066 | C→T | 7.0% | intergenic (+46/+57) | nadE → / ← PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,542,066 | 0 | C | T | 7.0% | 341.9 / 11.9 | 116 | intergenic (+46/+57) | nadE/PP_4870 | NH(3)‑dependent NAD(+) synthetase/azurin |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (51/54); new base T (2/6); total (56/60) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.79e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.38e-01 | |||||||||||
Only 100 of 122 total aligned reads displayed.
ATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGT > NC_002947/5541917‑5542215 | tGCCTTCCTGCATGGGCCGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAAcc < 1:222127/150‑1 (MQ=255) ccTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCGGCGAATACGAGGGTGAACCCa > 2:3037593/1‑150 (MQ=255) ccTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCGGCGAATACGAGGGTGAACCCa > 2:3038077/1‑150 (MQ=255) 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cgcgAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCaccacc > 2:581068/1‑150 (MQ=255) tACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTc < 1:1789231/150‑1 (MQ=255) gAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAg > 1:830839/1‑150 (MQ=255) gttaaCCCACCGACCCATTCGCGGGTCAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 1:4161076/147‑1 (MQ=255) gTGAACCCACCGACGCTTTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTg < 2:5168799/150‑1 (MQ=255) 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cccACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGAAGATGACCTTGCCTTTCATCATAGAGATGTGGCCCGGTAAGGTGAATAAGAAGCTGTAGTCAACACAGGATTCCAGCTTGGAAgt > 2:1768150/1‑150 (MQ=255) | ATGCCTTCCTGCATGGGCAGCCGGTTGACCAGGCAGCGTTCGACATCATCGTCGCCACCTACCGCAAGACCCAGCACAAGCGCGAACTGCCGTTCGCTCCTTGATAAGTGGCCTGCAGGAGCGGGTTCACCCGCGAATACGAGGGTGAACCCACCGACGCATTCGCGGGTGAACCCGCTCCTGCAGGGTTCGCCGTCAGCCTTTGATTACTTGACGATGACCTTGCCTTTCATCATCGAGATGTGGCCCGGGAAGGTGCAGAAGAAGCTGTAGTCACCACCGGCTTCCAGCTTGGAAGT > NC_002947/5541917‑5542215 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |