| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,686,427 | G→C | 10.4% | intergenic (‑144/+64) | PP_4986 ← / ← PP_4987 | hemolysin III family channel protein/putative Chemotaxis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,686,427 | 0 | G | C | 10.4% | 295.4 / 20.4 | 103 | intergenic (‑144/+64) | PP_4986/PP_4987 | hemolysin III family channel protein/putative Chemotaxis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (53/38); new base C (5/6); total (59/44) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.24e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.86e-01 | |||||||||||
Only 100 of 113 total aligned reads displayed.
TACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCA > NC_002947/5686279‑5686576 | tACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCtgctgc < 1:4400420/150‑1 (MQ=255) aCATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTgcg < 2:3411460/150‑1 (MQ=255) aCATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTgcg < 1:1625536/150‑1 (MQ=255) 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aTGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCa < 1:3718637/150‑1 (MQ=255) aTGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCa < 1:3718404/150‑1 (MQ=255) aTGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCACCGGGGCTGCTGCGCa < 2:1808168/150‑1 (MQ=255) aTGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTAAATTCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCa > 2:4401013/1‑150 (MQ=255) aaaCACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCGCAGCAGccc < 2:5259367/150‑1 (MQ=255) cacaGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCATGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCCGCCCCAGGC‑TTTGAGTGCCACTGCAAGAAACGCCCGGGGGGCTGCGCCGcccaaa > 2:2088288/1‑147 (MQ=37) acaGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAATCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACAGCATGAACCGCCGGGGCTGCAGCGCAGCCCTATc > 2:1699666/1‑150 (MQ=255) acaGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATc < 2:4533494/150‑1 (MQ=255) caGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATcg < 1:3102417/150‑1 (MQ=255) caGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATcg < 1:1581611/150‑1 (MQ=255) 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ccAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTcc > 2:2471721/1‑150 (MQ=255) aGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCGGCGGCGCAGCCCAATCGCGCCACAAGGCCCCACCCACTCCACACCACCAGGCCCAGCGCCACACATACAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCGTTGCaa > 1:731920/1‑150 (MQ=255) ggC‑TTTACTTGCCACGGCATCACCCGCGGGGGGTGCGGCCCACCCCTATCCCCACACCCCGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACGTCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAt < 1:3721825/150‑1 (MQ=255) ccc‑TTACATTGCAACTCCATCAACCGCCGGGGCTGCTCCGCACCCAAAACGCCACAAAAGCCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAt < 2:4470963/148‑1 (MQ=255) tttCTTTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGGTGCTGGGCAGCCCTTTCGCGACACTAGGCCGGTGCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGGCTCACATCCTATCCAAGGTCTGGTTGGTGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTGCATTggg > 2:2311327/1‑148 (MQ=255) tttCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCGATAGCGACACAAGGCCGCTCCCACACCAGACCACCCCGCCCAGCGCCTCACAAACAAACCCAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCATTACAATGCg > 1:3856647/1‑150 (MQ=255) tCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGAc > 2:3197326/1‑150 (MQ=255) aTTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATAGCGACACAAGGCCGCACCCACACCACACCACCAGGCCCAGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAAGCGACCa > 1:1770184/1‑150 (MQ=255) tGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCAATCGCGACACAAGGCCGCACCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGACACGCACCAGCCTTTCCAATTCGACCAgg > 2:1283102/1‑150 (MQ=255) ccACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCGATAGCGCCACAAGGCCGCGCCCACTCCAGACCACCACGCCCAGCGCCGCACAACCAAACCAAGGTCAGGTTGCAGATACGCGTCACCCACCACCCTTTCCAATGCGACCAGGTc > 1:754601/1‑150 (MQ=255) cACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTcc > 1:4160735/1‑150 (MQ=255) aCTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAATGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGGTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCATTCCAATGCGACCAGGTCCg > 2:2886953/1‑150 (MQ=255) cATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTAc > 2:909192/1‑150 (MQ=255) gAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAATGCCGCTCCCACTCCAGAACACCACGCCCTGCGCCGCACATACTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCCATGCGACCACGTCCCGTACCcg > 2:3468214/1‑150 (MQ=38) gAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCAGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCATTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCcg > 2:3468221/1‑150 (MQ=255) gcgatagggCTGCGCAGCAGCCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCgcgc > 1:2734424/7‑150 (MQ=255) gcgatagggCTGCGCAGCAGCCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCgcgc > 2:1353537/7‑150 (MQ=255) ccgGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCAc > 1:4961288/1‑150 (MQ=255) tagggCTGCGCAGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCAcc > 2:950087/3‑150 (MQ=255) agggCTGCGCAGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCt > 2:4702324/2‑150 (MQ=255) gctgctGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCt > 1:1660680/1‑150 (MQ=255) tgctgcGCCGCCCTATCGCGACACACGCCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTca < 2:4431373/150‑1 (MQ=255) tgctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTca > 2:5410361/1‑150 (MQ=255) ctgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcacc > 2:706326/1‑150 (MQ=255) tgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcaccc > 1:4970876/1‑150 (MQ=255) tgcGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcaccc > 2:1240220/1‑150 (MQ=255) gcgcAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAAAGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTcaccca > 1:934769/1‑150 (MQ=255) | TACATGCAAACACAGACCTCCTGAGGTGGGCTGGGTTCCTGTTGTGATGCTGATGGCTTCGTTCTTTGTGGGAGCGGCCTTGTGTCGCGAAAGGGGCGCGAAGCGGCCCCAGGC‑TTTCATTGCCACTGCATGAACCGCCGGGGCTGCTGCGCAGCCCTATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACTCCAGACCACCAGGCCCTGCGCCTCACATCCTAACCAAGGTCAGGTTGCAGATCCGCGTCACGCACCAGCCTTTCCAATGCGACCAGGTCCGGTACCCGCGCCACCTGCTCACCCA > NC_002947/5686279‑5686576 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |