Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,701,589 | A→G | 8.6% | intergenic (+36/‑176) | pyrC' → / → hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,701,589 | 0 | A | G | 8.6% | 422.1 / 18.7 | 140 | intergenic (+36/‑176) | pyrC'/hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (41/85); new base G (5/7); total (47/93) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.34e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 141 total aligned reads displayed.
GTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCAC > NC_002947/5701440‑5701735 | gTTGCTGGCGAACAATGGGTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGGTCATCGGCCACGGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGAGGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGa < 2:3525110/150‑1 (MQ=255) tGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCGTAGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGATc > 2:1613853/1‑150 (MQ=255) cTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATcac < 1:1582625/150‑1 (MQ=255) cTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATcac > 2:4103702/1‑150 (MQ=255) tGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACCCGATcacc > 1:2940278/1‑150 (MQ=255) ggCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGGTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCAGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATcacca < 2:5621075/150‑1 (MQ=255) gCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATcacccc > 1:4585726/1‑148 (MQ=255) gCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATcaccac < 2:3540123/150‑1 (MQ=255) 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gTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTc < 1:745167/150‑1 (MQ=255) tACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTcc < 1:2410211/150‑1 (MQ=255) ccATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTcccc < 1:1859235/150‑1 (MQ=255) tGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCccccca < 1:769747/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccc < 1:5325347/150‑1 (MQ=255) aGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccc < 1:5325295/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCggg > 2:1725226/1‑66 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 1:4436310/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 2:1964754/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCGCCCCCCGGCTCCCCCCACTGCCCCGGGA‑GGTGGGAACCCGGTGGGAGCGGGCAGGCCCGCGAAGGCCGTCACCTAGGCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCAGCCCCCCGGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:5223480/150‑1 (MQ=255) cggCACGCCCGCTCCCCCAGGAACACCACACGTCCACGGCA‑TGTGGCAACCCGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACAGTGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:2828271/149‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCT‑TGTGGTAACCCTGTGGGATCGGGCATGCCCGCGTATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCACCGGTTGAATTCCTTGCCCCCACCCCCATATgc < 2:4830569/150‑2 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTca < 1:4285363/80‑1 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCAGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGt < 1:2265736/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTg < 1:3334444/150‑1 (MQ=255) | GTTGCTGGCGAACAATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCAC > NC_002947/5701440‑5701735 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |