| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,701,603 | A→T | 8.9% | intergenic (+50/‑162) | pyrC' → / → hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,701,603 | 0 | A | T | 8.9% | 332.2 / 19.4 | 116 | intergenic (+50/‑162) | pyrC'/hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (25/75); new base T (4/6); total (33/83) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.17e-01 | |||||||||||
Only 100 of 124 total aligned reads displayed.
ATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCC > NC_002947/5701454‑5701743 | aTGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCa < 1:3617199/150‑1 (MQ=255)aTGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCa < 2:4091881/150‑1 (MQ=255) tGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCCCAGGCTCACCCCAATTCCaa > 1:2828271/1‑150 (MQ=255) 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aGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccc < 1:5325295/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCCCAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGACTGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 2:1964420/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCggg < 1:1725226/66‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCggg > 2:1725226/1‑66 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 1:4436310/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCGCCCCCCGGCTCCCCCCACTGCCCCGGGA‑GGTGGGAACCCGGTGGGAGCGGGCAGGCCCGCGAAGGCCGTCACCTAGGCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCAGCCCCCCGGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:5223480/150‑1 (MQ=255) cggCACGCCCGCTCCCCCAGGAACACCACACGTCCACGGCA‑TGTGGCAACCCGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACAGTGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:2828271/149‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCT‑TGTGGTAACCCTGTGGGATCGGGCATGCCCGCGTATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCACCGGTTGAATTCCTTGCCCCCACCCCCATATgc < 2:4830569/150‑2 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTca < 1:4285363/80‑1 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTca > 2:4285363/1‑80 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCAGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGt < 1:2265736/150‑1 (MQ=255) cggATCACCACCCGTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGCGTCTGCATCAGGCAc < 2:1224110/149‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:583582/150‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:2933623/150‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCAGATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:564951/150‑1 (MQ=255) | ATGGTTCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCC > NC_002947/5701454‑5701743 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |