| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 5,701,607 | C→A | 9.1% | intergenic (+54/‑158) | pyrC' → / → hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 5,701,607 | 0 | C | A | 9.1% | 360.1 / 17.9 | 116 | intergenic (+54/‑158) | pyrC'/hslV | dihydroorotase‑like protein/ATP‑dependent HslVU protease peptidase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (28/76); new base A (4/7); total (32/84) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.96e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 117 total aligned reads displayed.
TCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCCCGCTGCGTGGAGA > NC_002947/5701459‑5701756 | tctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCa > 1:699495/1‑150 (MQ=255)tctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCa > 2:5472647/1‑150 (MQ=255) ctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑t > 1:2778475/1‑150 (MQ=255) ctcCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑t < 2:1197460/150‑1 (MQ=255) cccGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑tgt < 1:1494247/150‑1 (MQ=255) ccGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACCATTCCAAGGCA‑tgtg > 2:3382966/1‑150 (MQ=255) ccGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGGCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACACTTCCAAGGCA‑tgtg > 2:2531596/1‑150 (MQ=255) ggCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTaa < 2:4801688/150‑1 (MQ=255) 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gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 1:4436310/150‑1 (MQ=255) gCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCcccccaccccca < 2:1964754/150‑1 (MQ=255) gggCACGCCCGCGCCCCCCGGCTCCCCCCACTGCCCCGGGA‑GGTGGGAACCCGGTGGGAGCGGGCAGGCCCGCGAAGGCCGTCACCTAGGCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCAGCCCCCCGGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:5223480/150‑1 (MQ=255) cggCACGCCCGCTCCCCCAGGAACACCACACGTCCACGGCA‑TGTGGCAACCCGGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACAGTGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCata < 2:2828271/149‑1 (MQ=255) cACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCT‑TGTGGTAACCCTGTGGGATCGGGCATGCCCGCGTATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCACCGGTTGAATTCCTTGCCCCCACCCCCATATgc < 2:4830569/150‑2 (MQ=255) aCGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTca < 1:4285363/80‑1 (MQ=255) cGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCAGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGt < 1:2265736/150‑1 (MQ=255) ccGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTg < 1:3334444/150‑1 (MQ=255) cggATCACCACCCGTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGCGTCTGCATCAGGCAc < 2:1224110/149‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:2933623/150‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:583582/150‑1 (MQ=255) cacaATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCAGATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGccc < 1:564951/150‑1 (MQ=255) ggCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCCCGCTGCGTGga < 1:2531596/150‑1 (MQ=255) gCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCGTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCCCGCTGCGTGgag < 1:4259385/150‑1 (MQ=255) cA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCCCGCTGCGTGgaga < 1:2877950/150‑1 (MQ=255) | TCTCCCGTGGCGAGAACTGCCCGTTCATCGGCCACTGCCTGCCGGGCGCGGTGCGTTATACCTTGGTCGATGGCCACATCTGCCACGAGGCCTGAGTACCATGCTTAGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGATCACCACAATTCCAAGGCA‑TGTGGTAACCCTGTGGGAGCGGGCATGCCCGCGAATGCCTTCACATAGTCCCCCCGCCAAGCGCGACCATTCATCCCCCCCGGTTGAAATCCTTCCCCCCACCCCCATATGAGTCTGCATCAGGCACTTTCGCCCCGCTGCGTGGAGA > NC_002947/5701459‑5701756 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |