| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 476,133 | A→T | 100% | Q141L (CAG→CTG) | tsaD → | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 476,133 | 0 | A | T | 100.0% | 1066.2 / NA | 291 | Q141L (CAG→CTG) | tsaD | tRNA N6‑adenosine(37)‑threonylcarbamoyltransferase complex transferase subunit TsaD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); new base T (124/167); total (124/167) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
Only 100 of 291 total aligned reads displayed.
TTCCTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCAGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATCGCGCGTCTGGCCGAGCAAG > NC_002947/475987‑476279 | cTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGt > 1:5004608/1‑150 (MQ=255) tGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGtt > 1:155530/1‑150 (MQ=255) gcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTc < 2:79880/148‑1 (MQ=255) gcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTc > 1:79880/1‑148 (MQ=255) gcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCgg < 2:4816571/150‑1 (MQ=255) gcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCgg < 1:3423108/150‑1 (MQ=255) gcCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCgg < 1:5627181/150‑1 (MQ=255) ccAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGt > 2:5445318/1‑150 (MQ=255) gcgcTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGAt < 1:3461370/150‑1 (MQ=255) 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ccTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGt < 1:2322190/150‑1 (MQ=255) cTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTa > 1:4757877/1‑150 (MQ=255) gaccccccGGCGATCGGTGCGCACCACACGGCGGGTCACCTGCGGGCACCCACGCTGGAAGACACCCCGCCAGAGGTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGCTGGCATCGGTCAGTACGaa < 2:2681404/145‑1 (MQ=255) gACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGaa < 2:2681316/150‑1 (MQ=255) ccGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTg > 2:3716341/1‑150 (MQ=255) 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tgtgCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCt < 2:239304/150‑1 (MQ=255) gtgCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTg < 1:1447791/150‑1 (MQ=255) gCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTTGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGGAAGCCTGGa < 2:4148386/150‑1 (MQ=255) ccacATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGa > 1:5404655/1‑150 (MQ=255) cacaTGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGAt > 1:1969945/1‑150 (MQ=255) 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ggTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGt < 2:5004608/150‑1 (MQ=255) ggTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGt < 2:4246800/150‑1 (MQ=255) tCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGa < 2:5381924/150‑1 (MQ=255) cACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGaa < 2:5917/150‑1 (MQ=255) ctgctgGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCg > 2:1887356/1‑150 (MQ=255) 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tttGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGa > 2:1396953/1‑150 (MQ=255) ttgttgGTTTCCGGTGGAAATACCCTGCTGTTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTTCGATGTTTTGGTCGAATGCCTGGTCGATGCTGACGTTGAAGAGTTGTAGAAGAGCTACAAGCTGATCGGGCTCTATTATCCTggtggtaaggtt < 2:5483640/150‑7 (MQ=255) gttgGTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAAt > 1:2716682/1‑150 (MQ=255) ggTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATcgc < 1:2821244/150‑1 (MQ=255) gTTTCCGGTGGACATACCCTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATcgcg < 1:3783401/150‑1 (MQ=255) 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cccTGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAACCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAACACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTCGTGGTCCGGAAATCGCGCGTCTGGCCGAGCaac < 1:1946067/150‑2 (MQ=255) | TTCCTGCGCCCAGGCGCTGGCCTTTGCCTGGGACATCCCGGCGATCGGTGTGCACCACATGGAGGGTCACCTGCTGGCACCCATGCTGGAAGAAAACCCGCCAGAGTTTCCGTTCGTCGCTTTGTTGGTTTCCGGTGGACATACCCAGCTGGTTCGGGTCGATGGCATCGGTCAGTACGAACTGTTGGGCGAAAGCCTGGACGATGCTGCCGGTGAAGCGTTCGACAAGACCGCCAAGCTGATCGGCCTCAATTATCCTGGTGGTCCGGAAATCGCGCGTCTGGCCGAGCAAG > NC_002947/475987‑476279 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |