Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 5,745,489 | T→C | 13.7% | intergenic (+49/+22) | hutF → / ← PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 5,745,489 | 0 | T | C | 13.7% | 203.9 / 21.2 | 80 | intergenic (+49/+22) | hutF/PP_5037 | formiminoglutamate deiminase/lipocalin family lipoprotein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (22/47); new base C (8/3); total (30/50) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.63e-02 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.63e-01 |
TGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGAC > NC_002947/5745340‑5745637 | tgATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGt < 1:1460843/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGtt < 2:2262162/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGtt < 1:806313/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGtt < 2:2537380/150‑1 (MQ=255) gATGGTGAAGGGGCCATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGACAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGtt < 2:3337813/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTg < 2:4163191/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTg < 2:4163190/150‑1 (MQ=255) aTGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GGGCTT‑GCACGCGAAGGGCTg < 2:2639253/150‑1 (MQ=39) ggTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgca < 1:3588279/150‑1 (MQ=255) gTGAATGGGCCATGGGTGGTGCGGCAGGGGCGGCATGCCCAGGCCGATGACCGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCTGCTTTTGGGCTGAGCGTTGCGGGGTTGCGTTGGAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcat < 2:4244154/150‑2 (MQ=255) gTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAACCCTTCGC‑GGGCTT‑GCACGCGAAGGGCTgcaa < 1:380543/150‑1 (MQ=38) gTGAATGGGCAATGGGTGGAGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaa < 1:4334855/150‑1 (MQ=255) tGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaac < 1:1506068/150‑1 (MQ=255) tGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaac < 2:4094007/150‑1 (MQ=255) tGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaac < 2:4094055/150‑1 (MQ=255) tGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgcaac < 1:4341615/150‑1 (MQ=255) gggCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGGTGGAGCCCGTAGC‑GGGCAA‑GACCCCGCAGGGTTgaaacg‑caac > 2:5117264/1‑150 (MQ=255) tggtgCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGGGGTTGAGCCCAGCGCGGGGCAG‑CCCCCCCACGGGTTG‑AACGCCCACCCCaaaaaa > 2:4457637/1‑150 (MQ=255) 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ttttGGGCTGCGGGTCGGGGGGTGGGGTGGCCGCCCTCCGC‑G‑GCAACGCCCGCGAGGGTTTCCACCG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCctgctg < 1:1677566/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCGTACGGGGGTTGCGTTCCAGCCCTTCGC‑GTGAAA‑GCCCGCTAAGGTTTGAAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCcgc < 2:2100582/150‑1 (MQ=255) gggCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTCCACCCCTACGC‑GTCCAA‑CCCCGCTAAGGTTTCCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCcgc < 2:2100490/150‑1 (MQ=255) tACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgca < 2:4551026/50‑1 (MQ=255) tACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTgca > 1:4551026/1‑50 (MQ=255) gggggTTGGGTTGCAGCCCTTCGC‑GGGCAT‑GCCCGCGACGGGTTGAAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGAcagca < 2:1012404/149‑1 (MQ=255) 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aa‑GCCCGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAgtgt > 1:1927219/1‑150 (MQ=255) a‑GCCCGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTc > 1:4266147/1‑150 (MQ=255) a‑GCCCGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCACCCAGGCCGGCAGTGTc > 1:2785305/1‑150 (MQ=255) ccGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGgt > 2:5229887/1‑150 (MQ=255) gAAGGGCTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTgc > 1:1953466/1‑150 (MQ=255) tgggTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTgcgc < 2:4748742/149‑1 (MQ=255) aGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTgcgc < 2:1331730/150‑1 (MQ=255) aGGGCTGCAACG‑CAACCCCGAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTgcgc > 1:2495663/1‑150 (MQ=255) ggTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGa < 2:4576016/150‑1 (MQ=255) gTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGAc > 1:5517137/1‑150 (MQ=255) | TGATGGTGAATGGGCAATGGGTGGTGCGCCAGGGGCGGCATGCCCAGGAAGATGAAAGCGGGCGGGCGTTTGCCAAGGTGTTGCGCCAGCTTTTGGGCTGAGCGTACCGGGGTTGCGTTGCAGCCCTTCGC‑GTGCAA‑GCCCGCGAAGGGTTGCAACG‑CAACCCCAAAAAACTCAGTGCATTTTTACTATTTGCTGATCGGACGCCCGCCAGATCAAGCGGCTGGTGTCATACCCCTGCTGCCGCGCCCTGGACAGCAGGTTCTCACGCTCCCAGGCCGGCAGTGTCGGTGTGCGCGAC > NC_002947/5745340‑5745637 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |