| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 5,795,155 | A→G | 6.3% | intergenic (+29/+39) | ynfM → / ← PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 5,795,155 | 0 | A | G | 6.3% | 704.0 / 22.5 | 221 | intergenic (+29/+39) | ynfM/PP_5073 | efflux transporter/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (84/123); new base G (6/8); total (90/131) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
GGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTCGGCGGCAG > NC_002947/5795006‑5795304 | gggcgggGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACaa < 2:3686748/150‑1 (MQ=255) gggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 1:5326914/150‑1 (MQ=255) gggTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCtgt < 1:2951197/150‑1 (MQ=255) 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acacccGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGaa > 2:5475393/4‑150 (MQ=38) aCGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGACCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGaa > 2:1062039/1‑150 (MQ=255) cGCCCGCACCCACCACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAAc < 2:4507752/150‑1 (MQ=255) acccGCTCCCACAGGTTGTGGGTGCGGGCGTGCCCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCCACCTCACCGGTCAGCTTCAGCTTGGGCTTGTCGTTGTACg > 1:3023235/2‑150 (MQ=37) ccACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTcggc > 1:2076874/1‑150 (MQ=255) 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aCCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGTCAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTCGGCGGCAg < 2:2460532/150‑1 (MQ=255) | GGGCGGGGTGTTCTGGCACCAGTGGGGCTGGAACGGGATCGGGCTGTTCATTGGCAGCTTGCTGGCGGTGGCCTTGATGGTGGCGTTGCACCTGAGCAAGTTGCCACCCAAAACGGTGTGATGCATTCGTGGGCACGCCCGCACCCACAACCTGTGGGAGCGGGTGTGACCACGAAGAGGCCATCAGATCAGTTGATGATCTCGACAATATCCACATCCACTTCCCGGCTCATCAGGTGCTTTTCAACCTCACCGGTCAGCTTCACCTTGGTCTTGTCGTTGAACGGTGTCGGCGGCAG > NC_002947/5795006‑5795304 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |