| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 6,018,859 | G→C | 24.4% | intergenic (+59/+51) | xpt → / ← PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_002947 | 6,018,859 | 0 | G | C | 24.4% | 242.7 / 81.7 | 119 | intergenic (+59/+51) | xpt/PP_5266 | xanthine phosphoribosyltransferase/acetyl‑CoA hydrolase family protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (47/42); new base C (14/15); total (62/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.46e-01 | |||||||||||
Only 100 of 120 total aligned reads displayed.
GTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTC > NC_002947/6018712‑6019008 | gTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCt < 1:5003053/150‑1 (MQ=255) tGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCACTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCtg < 2:3919869/150‑1 (MQ=255) gCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCtgt < 1:5285869/150‑1 (MQ=255) 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cggtcccgcaCCGGTC‑GCCACCGCTGT‑GCCGCCCGTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 1:1505501/143‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt < 2:2304748/150‑1 (MQ=255) aGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACt > 1:2514309/1‑150 (MQ=255) tacggcaCAGCTT‑TCGAGACCTGT‑GCTGCACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCa > 2:294700/5‑150 (MQ=37) cagcaCAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttct < 2:2927791/117‑1 (MQ=255) cagcaCAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGttct > 1:2927791/1‑117 (MQ=255) cacaGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTaa > 2:1304724/1‑121 (MQ=255) cacaGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTaa < 1:1304724/121‑1 (MQ=255) cacaGGTC‑GCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGc < 2:1134579/150‑1 (MQ=255) aGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCAGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGACAGCCCCGCCAACAACCAGAGCTGGTAAAGTGCTTCTTTAAGCCCCTGCGGAAGCCCCAACTGCATCCGcccc > 2:3790453/1‑150 (MQ=255) gTC‑TCGACCGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAg < 2:4570616/150‑1 (MQ=255) 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cGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTgg > 1:2604275/1‑150 (MQ=255) gAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGc > 2:1770967/1‑150 (MQ=255) aaCGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCt > 2:1293117/1‑150 (MQ=255) gCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGGGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTc < 2:3124898/150‑1 (MQ=255) | GTGCCGAACTGGACAGCCAGGGTTACCGCGTTGAATCGCTGGCCCGGGTGAAGTCGCTGGAAGGTGGTGTGGTCAGCTTCATCGAATAAACGCGACACCTGCTTCGCGGGCACGCCCGCTCCCACAGGTGCAGCACAGGTC‑TCGAACGCTGT‑GCCGTACCTGTGGGAGCGGGCGTGCCCGCGAATGGCCGCAACCCTTTTAT‑CTGGTTGCCGCCAGCCCCGCCAACAACAAGCGCTGGTAAAGTTCTTCTTTAAGCCCCTGCGGCTGCCCCAACTGCATCCGCCCCAGGTGGCTTTC > NC_002947/6018712‑6019008 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |