Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,037,802 | T→C | 6.8% | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 6,037,802 | 0 | T | C | 6.8% | 397.9 / 11.6 | 132 | intergenic (+61/+75) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (51/70); new base C (5/4); total (58/74) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.98e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.86e-01 |
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAC > NC_002947/6037655‑6037948 | gcgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTg < 1:581509/150‑1 (MQ=255) cgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGa < 1:2554756/150‑1 (MQ=255) ccTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGc < 1:4360948/150‑1 (MQ=255) 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cgcCAGCCTGGCT‑GTTGCCGCTA‑CCCGTTTTGGTGGGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 1:599664/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 1:2734954/147‑1 (MQ=255) aGCCTGGCA‑TTTGACTCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGGGCCCGAACTGACCCTATAATGCTCTCAGTACTACCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGTCTCCCCATCACCAATGATCATGTGAt > 2:4687775/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt > 1:4838156/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc > 2:687866/1‑150 (MQ=255) 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cA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAc < 2:871150/150‑1 (MQ=255) | GCGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAC > NC_002947/6037655‑6037948 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |