| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_002947 | 6,037,805 | A→G | 7.7% | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV → / ← PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,037,805 | 0 | A | G | 7.7% | 372.5 / 14.3 | 130 | intergenic (+64/+72) | dppA‑IV/PP_5284 | dipeptide transport protein/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (52/64); new base G (6/4); total (58/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.11e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 131 total aligned reads displayed.
CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAC > NC_002947/6037656‑6037948 | cgACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGa < 1:2554756/150‑1 (MQ=255) aCCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACg < 1:979349/150‑1 (MQ=255) ttGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTAAAGGGGTATCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTa > 2:631387/1‑150 (MQ=255) 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gcgcCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgat < 2:2678385/150‑1 (MQ=255) cgcCAGCCTGGCT‑GTTGCCGCTA‑CCCGTTTTGGTGGGGTTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 1:599664/150‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg < 1:2734954/147‑1 (MQ=255) cAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAatgatgatg > 2:2734954/1‑147 (MQ=255) aGCCTGGCA‑TTTGACTCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTAACCGCGAAAGGGCCCGAACTGACCCTATAATGCTCTCAGTACTACCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGTCTCCCCATCACCAATGATCATGTGAt > 2:4687775/1‑150 (MQ=255) aGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGAt > 1:4838156/1‑150 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTTGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc < 2:2906064/150‑1 (MQ=255) gCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATc > 2:687866/1‑150 (MQ=255) ccTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATcc < 2:2046464/150‑1 (MQ=255) cTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCa < 2:5556891/150‑1 (MQ=255) 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CGACCTTGCTGCGCCAAGGCGTCGAGGGGTACCAGGTGAGCCCGTTCGGGCGGCTGGATTTCAGCAAGGTGACGGTGACCAAGTAAGCCTGTACCGGCCTCTTCGCGGGTAAACCCGCTCCTACAGGGGTAGCGCCAGCCTGGCA‑GTTGACGCTA‑CCCCTGTAGGAGCGGGTTTACCCGCGAAAGGGCCCGTACTGACCCTATAAGGCTCTCAGTACTCCCTCAGACCACAATCCACCCATGCTCGACCATCGACAACGGCTCCCCATCACCAATGATGATGTGATCCAGCAC > NC_002947/6037656‑6037948 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |