| Predicted mutation | |||||||
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| RA | NC_002947 | 6,081,100 | T→A | 5.1% | N156I (AAT→ATT) | PP_5328 ← | phosphate ABC transporter permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 6,081,100 | 0 | T | A | 5.1% | 798.0 / 21.2 | 235 | N156I (AAT→ATT) | PP_5328 | phosphate ABC transporter permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (105/118); new base A (3/9); total (108/127) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.52e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.55e-01 | |||||||||||
Only 100 of 246 total aligned reads displayed.
GTTGACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAAC > NC_002947/6080952‑6081248 | gttgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCAtt < 1:3965903/150‑1 (MQ=255)gttgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCAtt > 2:2165325/1‑150 (MQ=255)gttgacgCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCAtt > 1:4588915/1‑150 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> 2:960475/4‑150 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGTTCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACt > 1:2520446/1‑150 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGTGCCTGTCCAATGGCCAGGcgctg < 1:4178369/117‑5 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGccc > 2:4474576/1‑115 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACt > 2:3609716/1‑150 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACt > 2:3987905/1‑150 (MQ=255) gaacgaTTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACt > 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aaaCCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCt > 1:3333331/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGc > 2:2729878/1‑150 (MQ=255) tgggcCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGccc > 1:1384924/4‑150 (MQ=255) aGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGccc > 1:2328043/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGccc < 1:4650476/150‑1 (MQ=255) 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cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCgaa < 1:2708231/129‑1 (MQ=255) cTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTc > 2:4177536/1‑150 (MQ=255) tGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCGGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTcc < 1:1865623/150‑1 (MQ=255) taTTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGaaa < 1:1031565/149‑1 (MQ=255) cATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGaaa < 1:1126760/150‑1 (MQ=255) | GTTGACGCTGACGTGGTCCAGCGCACGCCCCTGCTCGTCGAGCACGAACGATTGCTCGCCGTACGGGTAGTCGATGCCAGGGCTGATGGTTTTCTTGTTGTCCGGGTAGGTGATCTTGTAGGTGTGCTGGAAAACCAGCGCCTGGCCATTGGACAGGCCCAGCACCACCAGCGCGCTGCCCGGCTGGTCAGTACTGATGGACGTGACCTGGGTGTCTGCCGGCACGGGTAGTTCGACACGCTTGAGTTCGTTACCGGTCTTGGTATCGAAGAACAATGCCTGGCCCTTGTCCGAAAC > NC_002947/6080952‑6081248 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |