Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 6,130,867 | G→C | 5.0% | L219L (CTG→CTC) | PP_5374 → | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_002947 | 6,130,867 | 0 | G | C | 5.0% | 957.5 / 28.8 | 279 | L219L (CTG→CTC) | PP_5374 | choline/carnitine/betaine transporter family protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/152); new base C (8/6); total (121/158) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.07e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.28e-01 |
Only 100 of 282 total aligned reads displayed.
TGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCT > NC_002947/6130719‑6131016 | tGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGa < 2:2596600/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAg < 2:2439631/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAg < 2:1016575/150‑1 (MQ=255) aTGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAg < 2:3845497/150‑1 (MQ=255) cgcTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGcccgatg < 2:4053305/150‑6 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCTGGCTCAGCCCGGTGttc < 2:2114322/150‑2 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt < 1:1258012/150‑1 (MQ=255) tCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGttt > 2:5617034/1‑150 (MQ=255) 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tGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGc > 2:2350576/1‑150 (MQ=255) gAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCt > 2:2248400/1‑150 (MQ=255) | TGAGCATGCGCTCGATCCTTTACCCGCTGATTGGTGAGCGCATCTATGGGCCCATCGGACATGTGGTGGACATCCTTGCCGTGGTGATTACCGCGTTCGGTGTATCCCAGTCGCTGGGCCTGGGCGTGGTGCAAATGAACACCGGGCTGAGCCAGGTGTTTGACCTGCCCATCAGCCTGGGGGTGCAGATCACCTTGATCGTGCTCATTACCCTCGTTACTACCGTATCGGTGATGGCCGGCGTGTCGCGTGGCATGAAGCGCCTTTCGGAATGGAATATGCTGTTGTCGGTGGTGCT > NC_002947/6130719‑6131016 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |