Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 697,231 | C→G | 9.9% | intergenic (+155/‑596) | mmsA‑I → / → PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 697,231 | 0 | C | G | 9.9% | 508.2 / 36.2 | 160 | intergenic (+155/‑596) | mmsA‑I/PP_16SD | methylmalonate‑semialdehyde dehydrogenase/16S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (82/61); new base G (12/4); total (95/65) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.94e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.98e-01 |
Only 100 of 174 total aligned reads displayed.
TAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAA > NC_002947/697083‑697380 | tAGTTGAAGGGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcg < 1:3770253/150‑1 (MQ=255) tAGATGACGGGGGGAGGCCGTCCGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCcgcg < 1:5290180/150‑1 (MQ=255) gATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGTTCGAGCGCCGCCcgcgcg > 2:4098469/1‑150 (MQ=255) tgatggggggAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCGCGggcggc < 1:1055282/144‑1 (MQ=255) aGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCt < 1:3512655/150‑1 (MQ=255) gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc > 1:647821/1‑150 (MQ=255) gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACAGTTTTTAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACACTTGCAGTGCCAGTGAGATCGAGAGCCGCCCGCGCGGCGCTc > 1:2507819/1‑150 (MQ=21) gCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGGTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTc > 1:4738997/1‑150 (MQ=255) 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cTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaa > 1:2244807/1‑150 (MQ=255) cTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaa > 1:827122/1‑150 (MQ=255) cTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCACCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaa > 2:5382238/1‑150 (MQ=255) tCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGaaa < 1:334363/150‑1 (MQ=255) ccccGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAAc > 2:301023/1‑150 (MQ=255) 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aTCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGGAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGccc > 2:2469882/1‑150 (MQ=255) tCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGcccc > 1:4655278/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACATCCTCTTGAATCCCCGTATAATGCGCCCCa > 1:4022476/1‑150 (MQ=255) cGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATACTGCGccccc > 1:5474771/1‑149 (MQ=255) gAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCAc > 2:1512974/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGACATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACt > 2:1167449/1‑150 (MQ=255) aGCGCCGCGCGGGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACt > 2:2707436/1‑150 (MQ=21) aGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACAcc > 2:3468128/1‑120 (MQ=255) gcgcCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACtt > 1:3236450/1‑150 (MQ=255) cgccgcCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTc > 1:3460084/1‑150 (MQ=255) gccgccCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTcc < 1:4214968/150‑1 (MQ=255) gccgccCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTcc > 1:2998178/1‑150 (MQ=255) ccgcccgcGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCa < 2:1919545/150‑1 (MQ=255) cgcgcggGCGGCGCTCGATCTCACAGGCACTGCAAGGGTTGTGGCGGACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAg < 1:4705012/150‑1 (MQ=11) gcccgcGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGc < 2:357757/150‑1 (MQ=255) cgcgGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACaa < 2:2355595/150‑1 (MQ=40) | TAGATGAAGCGGGGAGGCCGTCAGGCCTCCCCGCTTTGTTTTTGGGGGTTGGTTGTTGCTGTTGGGGAGGAACTGTTTTGAGAGGGTGTTGGCTGTGAGATGTGTCCGCCACAACCCTTGCAGTGCCTGTGAGATCGAGCGCCGCCCGCGCGGCGCTCGGTCTCACAGGCGCTGAAACTGTCGTGGCGAACACTTGGCAGCCCCGATACGGTCTTTTCCCCTTATATTTCACTTTCTTGAAATTAAAGGTTGACACCCTCTTGAATCCCCTTATAATGCGCCCCACTTCCAGCGACAA > NC_002947/697083‑697380 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |