| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 90,431 | C→G | 5.5% | intergenic (+106/+16) | PP_0079 → / ← PP_0080 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 90,431 | 0 | C | G | 5.5% | 729.3 / 21.6 | 217 | intergenic (+106/+16) | PP_0079/PP_0080 | transcriptional regulator/hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (110/94); new base G (6/6); total (117/100) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 229 total aligned reads displayed.
TCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACTGCGA > NC_002947/90282‑90579 | gAGCGGTTTGTGGAGTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcag < 2:756574/150‑1 (MQ=255) ggggTTTGGGCCTTGGTGGCAGCAGGAGCGCCGCCTTGGAGCGTTGGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagca < 1:3892453/148‑1 (MQ=37) gCGGTTTTTGTATTGTTTGCAGCAGGAGCGCAGCCTTTTAGATTTTGGGCCCGATTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCgcagca < 1:1409911/150‑1 (MQ=38) 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tGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGc < 2:4153292/150‑1 (MQ=255) ggggCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGCAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGGGcc > 2:4376834/1‑149 (MQ=255) gggCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCaa < 2:1726450/150‑1 (MQ=255) ggCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCGCCCACCGGGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCCATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCCAg > 2:83640/1‑150 (MQ=39) gCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGt > 2:2263102/1‑150 (MQ=255) 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cGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGt > 2:4593967/1‑150 (MQ=255) gTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGtcca < 2:1022321/73‑1 (MQ=255) gTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTg > 1:3185679/1‑150 (MQ=255) gTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTg > 1:3410320/1‑150 (MQ=255) cgATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCtt > 1:4883592/1‑150 (MQ=255) cgATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCtt < 1:4751286/150‑1 (MQ=255) gATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCGTc > 2:3312768/1‑150 (MQ=255) ccggggCTGCTGCGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTcagccag > 2:5472633/4‑129 (MQ=255) aTGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCg < 2:389359/150‑1 (MQ=255) aTGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCg < 1:716443/150‑1 (MQ=255) aTGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCg < 2:4083593/150‑1 (MQ=255) tGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCgg < 1:729191/150‑1 (MQ=255) ggggCTGCTGCGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGc < 1:548153/93‑1 (MQ=255) ggCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGtc > 2:4430307/1‑149 (MQ=255) gCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTAc > 1:4009596/1‑150 (MQ=255) gCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTAc > 1:188034/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACt > 1:453037/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACt > 2:4654460/1‑150 (MQ=255) cTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACt > 2:2619889/1‑150 (MQ=255) gcagcaGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACTGCGa > 2:5142674/1‑150 (MQ=255) | TCGAGCGGTTTGTGGATTGGTTGGAGCAGGAGCGCAGCCTTTGAGATTTTGGGGCCGCTTTGCGGCCCATCGCGACACAAGGCCGCTCCCACAGTGGCACTGCACACGCCGGCCCATGTGGGAGCGGCCTTGCGTCGCGATGGGCTGCGCAGCAGCCCCGGCAATCTAGACCACGAAGTTCAGGTGCTCGCTCCGGTGCAAGTCCAGCTCCAGCATGTCCACCATCCCCGCTGCGATCCTGGACAAGCGCCGCAACGGCTCAGCCAGCCCAGGCTCCAGCGTGCCTTCGGTACTGCGA > NC_002947/90282‑90579 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |