| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,163,732 | A→G | 90.5% | N304D (AAC→GAC) | gtsA → | mannose/glucose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,163,732 | 0 | A | G | 90.5% | 702.7 / 46.9 | 241 | N304D (AAC→GAC) | gtsA | mannose/glucose ABC transporter substrate‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (11/12); new base G (96/122); total (107/134) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 8.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
CTGGAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCC > NC_002947/1163585‑1163881 | cTGGAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTacgac > 2:3548920/1‑150 (MQ=255) tGGAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTacgaca > 1:656571/1‑150 (MQ=255) ggAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACAt > 2:4828971/1‑150 (MQ=255) gAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACAACATc > 1:3868795/1‑150 (MQ=255) aGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGa < 1:4449371/150‑1 (MQ=255) cgccACGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCATGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCGCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTc < 2:4781983/150‑1 (MQ=255) cgccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTc > 2:2953257/1‑150 (MQ=255) cgccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTc < 2:4629267/150‑1 (MQ=255) cgccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGAATc < 2:646197/150‑1 (MQ=255) gccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCg > 2:3745651/1‑150 (MQ=255) gccAAGGTCATTAACGGCAACGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCg > 1:5454019/1‑150 (MQ=255) ccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCGt < 2:680134/150‑1 (MQ=255) ccAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACAACATCGACTCGt < 1:427778/150‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATcaacaa < 2:337185/150‑1 (MQ=255) gcCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATcaacaa > 1:3510234/1‑150 (MQ=255) cGTTCCTCGGTACTGACCAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAgg < 2:2386468/150‑1 (MQ=255) tCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGtt < 1:3419471/150‑1 (MQ=255) cccGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACGACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGATGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGCTCTTCAGCATCAACAAGGGTTct > 2:2091621/1‑149 (MQ=255) 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tACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACAACGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCtt < 2:549629/150‑1 (MQ=255) | CTGGAAGCCGCCAAGGTCATTAACGGCAAGGCCGGCATGCAGATCATGGGCGACTGGGCCAAGAGCGAATGGACCCTGGCGAAGAAAACTGCTGGCAAGGATTACCAGTGCGTGCCGTTCCCCGGTACTGACAAGTCCTTCCTGTACAACATCGACTCGTTGGTGGTGTTCAAGCAGAACAACGCTGGCACCTCTGCTGGTCAGCAGGACATCGCCCGCAAGGTGTTGGGTGAGGACTTCCAGAAGGTCTTCAGCATCAACAAGGGTTCGATCCCGGTACGCAACGACATGCTTGCC > NC_002947/1163585‑1163881 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |