| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,206,908 | A→C | 5.6% | Q119H (CAA→CAC) | xcpW → | type II secretion pathway protein XcpW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,206,908 | 0 | A | C | 5.6% | 768.9 / 5.7 | 242 | Q119H (CAA→CAC) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (148/74); new base C (4/16); total (152/90) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.94e-05 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 248 total aligned reads displayed.
TACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCA > NC_002947/1206759‑1207057 | tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGTCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCaa > 1:3280311/1‑150 (MQ=255)tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCaa < 2:1279450/150‑1 (MQ=255)tACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCaa > 2:1152888/1‑150 (MQ=255) aCGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAAc < 1:3718423/150‑1 (MQ=255) aCGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAAc < 1:123636/150‑1 (MQ=255) aCGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAAc < 2:3127261/150‑1 (MQ=255) aCGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAAc < 1:3650025/150‑1 (MQ=255) cGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACg > 2:3596863/1‑150 (MQ=255) 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cAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCctg > 1:5273607/1‑150 (MQ=255) cAGCGGCAGACGCTGGTCAGCCGTTGGCTAGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCctg > 2:3095868/1‑150 (MQ=255) aGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCctgc > 1:1129425/1‑150 (MQ=255) gCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCctgct < 2:2382087/150‑1 (MQ=255) gTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGGGCGAGGCCCGCGAGCACCGCctgctgc > 2:4007738/1‑150 (MQ=255) 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aaCCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGTACAGGTccgccga < 2:660408/134‑2 (MQ=255) aaCCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTgg > 1:5548899/1‑150 (MQ=255) aaCCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTgg > 2:3955499/1‑150 (MQ=255) aCCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTggg < 1:3479262/150‑1 (MQ=255) cAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTa > 2:2220963/1‑150 (MQ=255) 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tGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGggcg > 1:1068385/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGGGTTGGCGGCCCGCGAGCACCGCGGGCTGGTGTAAAGGTGGGCGGACGTGTCCGCCGCTGGCGCCCCGCGGGGGTTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCgct < 2:880660/150‑1 (MQ=255) cAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCgctgg > 2:1557422/1‑150 (MQ=255) aGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCgctggc > 1:2308001/1‑150 (MQ=255) ccTGGGTTTCGTGCCCCGCGCGCACCGCGTGGTGGTGTACCGGTCGGCTGACGTTTCCGCCGCTGGCGCCCGGGGGTGGGTAACGCGCCCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGctggctggn < 1:5153811/150‑2 (MQ=255) ccTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCtggctggc > 1:1172216/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcc > 1:4372733/1‑150 (MQ=255) cTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcc > 2:3283272/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcct > 1:2598517/1‑150 (MQ=255) ggggcgcggCCCGCGACCCCCGCGGGCTGCGGCAACGCCGGGCGGCCCGGCCCGCCGGTGGCGCCCCGCGCGGGGTCCCGCGCCCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcctggc < 1:368669/143‑1 (MQ=255) ttCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTggcctggcct > 2:4234260/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCCGGCGCGCACCGCCGGCTGGTGTAACGCTGGGGGGCCCTGTCGGCGGCGGGCCCCCGGCGCGGGGTCCCGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCtt < 2:3820325/150‑1 (MQ=255) ggggCCCGCGACCAACGCCTGCTGATGTAATGCTGGGGGGACCTGTCCGCCGCTGGCGCCCGGCGCTGGGTACCGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCt < 1:5593616/148‑1 (MQ=255) gcggCCCGCGCGCACCGCCGGGTGGGGGAACGGTGGGGGGACGTGTCCGCCGGTGGCGCCCCGCGGTGGGTACCGGGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCt < 2:2713570/148‑1 (MQ=255) gccccGCGCGCACCGCCTGCGGGTGTAAGGCGCGGCGGACCTGTACGCGGGGGGCCCCCGGCGGTGGGTCCGGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGa < 2:4263958/148‑1 (MQ=255) gCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGAc > 2:2987707/1‑150 (MQ=255) ccGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCa > 2:1385610/1‑150 (MQ=255) gCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGACCGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGt > 2:3914205/1‑150 (MQ=255) ccAACCCCTGCTGCTGCAAACCCCGGCGCACCCCAACGCCGCGCCCCCCCCGCGCTGGCAACAGCGCCAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGt < 2:5368427/149‑1 (MQ=255) aaCGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGc > 1:2855185/1‑150 (MQ=255) aCGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCa > 1:822861/1‑150 (MQ=255) | TACGACCAGCGTCTGCCGCTGGCCAGCCGTTGGCTGGACTGGCAGCCCGCCAGCAACCAGTTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCA > NC_002947/1206759‑1207057 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |