| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,206,967 | A→C | 25.8% | Q139P (CAG→CCG) | xcpW → | type II secretion pathway protein XcpW |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,206,967 | 0 | A | C | 25.8% | 402.3 / 36.8 | 203 | Q139P (CAG→CCG) | xcpW | type II secretion pathway protein XcpW |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (119/21); new base C (2/54); total (121/82) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.90e-28 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 203 total aligned reads displayed.
TTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGCCCCCTATGTCTGCA > NC_002947/1206819‑1207113 | ttGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAg > 2:3585214/1‑150 (MQ=255) tGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgc < 1:3935439/150‑1 (MQ=255) gCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgcg < 2:705740/150‑1 (MQ=255) cTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgcgc > 2:3974081/1‑150 (MQ=255) cTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAgcgc > 2:2116876/1‑150 (MQ=255) tgtgGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGcgcg > 1:2805527/1‑150 (MQ=255) tgGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGaa > 1:947808/1‑150 (MQ=255) tgGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGaa > 1:825365/1‑150 (MQ=255) gggTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAAc < 1:4423525/150‑1 (MQ=255) tCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGATGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGAc < 2:229142/150‑1 (MQ=255) gCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTc > 1:2831999/1‑150 (MQ=255) aCCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCAGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAg > 2:4738885/1‑150 (MQ=255) cGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGt > 1:1872606/1‑150 (MQ=255) cTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAgc > 1:2642046/1‑150 (MQ=255) aGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGTGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGaa < 2:1150750/150‑1 (MQ=255) ccGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACg > 2:420296/1‑150 (MQ=255) cGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgt > 1:4357447/1‑150 (MQ=255) cGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgt > 2:2063740/1‑150 (MQ=255) cGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgt > 2:314068/1‑150 (MQ=255) cGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgt > 2:2472705/1‑150 (MQ=255) gccgggggCTCGCGCGTGCACGGCGCGCGCCTGGGGTTCGCGGCCGGGGAGCACGGGGTGCGGCTGTATCGCTGGGCGGCGCTGTCGGCGGCTGGGGCCGCGCGGTGGTTCCCGCGGGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgtt < 2:4079772/144‑1 (MQ=255) gatgggggCGCGCGCCTGCACCGCCCGCGCGGGCGGTGCGCGGCCCGCGCCCACCGCGTGGTGCGGGAACGCGCGGGGGCCCTGTCCGCGGCGGGCGCCCCGGGGTGGTTCCCGCGCCAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACgtt < 2:1231932/144‑1 (MQ=255) tCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTAc > 1:3126174/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTAc > 1:2057410/1‑150 (MQ=255) tCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTAc > 2:1579224/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGACCGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCa > 2:4936621/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCa > 1:4816274/1‑150 (MQ=255) gcgcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCa > 2:4936580/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAgg > 1:4100890/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAgg > 1:2322442/1‑150 (MQ=255) gcCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAgg > 1:167569/1‑150 (MQ=255) gcCGGCACCGCCCGCGCGTGGGGTGCGAGGCCCGCTAGCAACGCGTGGTGGTGGAAAGCTGGGGGGAGCTGTACGCCGCTGGCCCCCGGCGCTGGGTACCGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAgg < 2:2208357/150‑1 (MQ=255) cattaaaCCCCTGCGACTGCGTTTCGAGCCCCGCTACAAACGCCTGCTGTTTAAAAGCTCGGCGCACATTAACGCCGCTGCCCCCCCGCGCTGTTAAACGCCCCAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAggg < 2:2564684/145‑1 (MQ=255) cTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGggc > 1:2968932/1‑150 (MQ=255) tGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGggcg > 1:1068385/1‑150 (MQ=255) gCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGggcgg > 1:210241/1‑150 (MQ=255) gCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGggcgg > 1:5230394/1‑150 (MQ=255) gCCAGCGCCTGGGGTTGGCGGCCCGCGAGCACCGCGGGCTGGTGTAAAGGTGGGCGGACGTGTCCGCCGCTGGCGCCCCGCGGGGGTTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCgct < 2:880660/150‑1 (MQ=255) 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ccTGCGGTGCGCGCCCCGCGACCAACGCCTGCTGCTGGAACGCTGGGCGGACCTGTACGCCGCGGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCtggctggc < 2:5350913/150‑1 (MQ=255) cTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcc > 2:3283272/1‑150 (MQ=255) tGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcct > 1:2598471/1‑150 (MQ=255) ggggcgcggCCCGCGACCCCCGCGGGCTGCGGCAACGCCGGGCGGCCCGGCCCGCCGGTGGCGCCCCGCGCGGGGTCCCGCGCCCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGctggcctggc < 1:368669/143‑1 (MQ=255) ttCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTggcctggcct > 2:1187927/1‑150 (MQ=255) tCGCGGCCGGCGCGCACCGCCGGCTGGTGTAACGCTGGGGGGCCCTGTCGGCGGCGGGCCCCCGGCGCGGGGTCCCGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCtt < 2:3820325/150‑1 (MQ=255) tCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCtt > 2:2703925/1‑150 (MQ=255) ggCCCGCGAGAAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACCGCGCGCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGa < 2:5552634/150‑1 (MQ=255) gCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGAc > 2:2987697/1‑150 (MQ=255) ccGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCa > 2:1385610/1‑150 (MQ=255) 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tGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATgg > 1:304723/1‑150 (MQ=255) ggCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGa < 2:4129719/150‑1 (MQ=255) ccccGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGccc > 2:1969904/1‑150 (MQ=255) cccGCGGTGGGTACCGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGcccc < 1:3596803/150‑1 (MQ=255) cggtGGGTCCCGCGCCCACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGCCCCCTAt < 1:120054/147‑1 (MQ=255) 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tACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGCCCCCTATGTCTGCa > 2:1475496/1‑150 (MQ=255) tACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACAAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGCCCCCTATGTCTGCa > 2:1015612/1‑150 (MQ=255) | TTGCTGTGGGTCGCCAGCACCGGCCTGCCGGCAGCCGAAGGTGGCTCGCGCCTGCAACGCCAGCGCCTGCGGTTCGAGGCCCGCGAGCAACGCCTGCTGCTGGAAAGCTCGGCGGACCTGTACGCCGCTGGCGCCCCGCGCTGGGTACAGCGCGAACGACTCGACCAGGTCAGCGCCATGAACGTTCTGTTCTACCAGGGCGGCCGCTGGCTGGCCTGGCCTTCTGACCAACCGGTGCACCCAGGTCGTGGTGTGCGTCTGGAACTGCTGCGTGATGGAGCCCCCTATGTCTGCA > NC_002947/1206819‑1207113 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 11 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |