| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | NC_002947 | 1,207,812 | G→T | 5.3% | R229L (CGG→CTG) | xcpY → | type II secretion pathway protein XcpY |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_002947 | 1,207,812 | 0 | G | T | 5.3% | 1131.3 / 34.0 | 331 | R229L (CGG→CTG) | xcpY | type II secretion pathway protein XcpY |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (132/181); new base T (10/8); total (142/189) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.29e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 339 total aligned reads displayed.
GTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGCCCTCAAGC > NC_002947/1207664‑1207961 | gTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCgg < 1:5340829/150‑1 (MQ=255)gTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCgg > 1:88941/1‑150 (MQ=255) tGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGgc > 1:232920/1‑150 (MQ=255) aGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCCGCTGCTGCTgg < 2:727895/150‑1 (MQ=255) gCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGc < 1:4088489/150‑1 (MQ=255) gCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGc < 2:1291458/150‑1 (MQ=255) ccACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCa > 2:1160357/1‑150 (MQ=255) ccACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCa > 1:2163164/1‑150 (MQ=255) cACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGTGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCTGCCAGCAGCCGCTGCTGCTGGcgg < 1:4287658/150‑3 (MQ=255) cACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCTGCCAGCAGCCGCTGCTGCTGGcgg < 1:670595/150‑3 (MQ=255) aCCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGc > 2:1693948/1‑150 (MQ=255) ggCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCACGGTGCGCTCGGTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCt < 2:5334551/150‑1 (MQ=255) ggCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCt < 1:1360376/150‑1 (MQ=255) cAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTgg > 1:2816141/1‑150 (MQ=255) tgctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGc < 2:2602225/150‑1 (MQ=255) tgctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCACGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGc > 1:2522882/1‑150 (MQ=255) gctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCt < 2:2422380/150‑1 (MQ=255) ctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTg < 2:185132/150‑1 (MQ=255) ctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTg < 2:143258/150‑1 (MQ=255) ctgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTg < 1:5226260/150‑1 (MQ=255) tgcACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTgg < 1:3018528/150‑1 (MQ=255) acaGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTa > 1:2680786/1‑150 (MQ=255) aGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTAcc > 1:5023091/1‑150 (MQ=255) 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aaCCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCa > 2:709458/1‑150 (MQ=255) aaCCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCa < 1:4013826/150‑1 (MQ=255) ccGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGc < 1:759206/150‑1 (MQ=255) tATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAAt < 2:3540667/150‑1 (MQ=255) ttGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGc < 2:5391696/150‑1 (MQ=255) 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aaGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCggg < 1:1496349/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCggg < 1:5187157/150‑1 (MQ=255) aaGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCggg < 1:3786091/150‑1 (MQ=255) ggTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGa < 2:529964/150‑1 (MQ=255) gTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAg > 2:2519495/1‑150 (MQ=255) 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ttGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGc > 2:4409847/1‑150 (MQ=255) ccggccgCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCt > 1:1489119/1‑150 (MQ=255) ccggccgCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCt > 1:4438540/1‑150 (MQ=255) cggccgCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTc > 2:5426418/1‑150 (MQ=255) cggccgCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTc < 1:4590142/150‑1 (MQ=255) 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agcagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGccc < 2:3092445/150‑1 (MQ=255) agcagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGccc > 2:1124442/1‑150 (MQ=255) agcagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGccc < 2:5463352/150‑1 (MQ=255) gcagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCCTTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGCCCt > 2:2474897/1‑150 (MQ=255) gcagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGCCCt > 1:637387/1‑150 (MQ=255) cagcGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGCCCTc < 1:4769984/150‑1 (MQ=255) | GTGCCGCAGCCACCGTGGGCAGTGCTGCACAGGACGTCGCTGAGCGGCAATTGGCCAACCGTATTTGCGCCGCTCGACACACTGCCCGGCCTGTTCGACCGCGCCCGCAAGGTGCGCTCGTTGCCGGCCGCCTCCCGCCAGCAGCAGCGGCTGCTGGCAGCTTGCCTGGTGCTGGCTACCGTTTGGGGTGGCCTGTGGTTGAGTCAGCAATGGCGTCAGGCGCAACTCTGGCGCAGCCAGGTCATTGCCGTGACCGGGGAGCAGGCCAGCCCTCGGCACGCGGCACAGGCCCTCAAGC > NC_002947/1207664‑1207961 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |