Predicted mutation | |||||||
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RA | NC_002947 | 1,332,076 | C→T | 48.7% | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE → / → PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_002947 | 1,332,076 | 0 | C | T | 48.7% | 197.0 / inf | 395 | intergenic (+97/‑196) | PP_16SE/PP_23SE | 16S ribosomal RNA/23S ribosomal RNA |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (115/86); new base T (114/76); total (232/163) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.08e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01 |
Only 100 of 398 total aligned reads displayed.
TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAA > NC_002947/1331927‑1332186 | aGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGATTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATc < 2:2463235/150‑1 (MQ=17) cGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGaa < 1:855439/150‑1 (MQ=32) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGTATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAAt > 2:952652/1‑150 (MQ=17) gTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAAt < 2:1118496/150‑1 (MQ=17) 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aCAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGtt < 2:5620207/150‑1 (MQ=17) gTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGAttt > 2:2918192/1‑150 (MQ=17) gTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACAAGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTATTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGAttt > 2:5126841/1‑150 (MQ=12) ccaGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGTATCGAATGTTGAttt > 1:5013587/3‑150 (MQ=17) cGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGc < 1:368483/150‑1 (MQ=32) 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TGAAGTCGTAACAAGGTAGCCGTAGGGGAACCTGCGGCTGGATCACCTCCTTAATCGACGACATCAGCCTGCTGATGAGCTCCCACACGAATTGCTTGATTCATTGTCGAAGACGTTTTTCCTGGTCAGAACCTGGAAATGAGCATTCGCATCGAATGTTGATTTCTGGCTTTTGTCAGATCGTTCTTTAAAAATTCGGATATGTGATAGATATAGACTGAACACCAGTTTCACTGCTGGTGGATCAGGCTAAGGTAAAA > NC_002947/1331927‑1332186 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 25 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |